8w0n

IRED crystal structure

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8w0n
沉积日期 deposition_date	2024-02-13
最后修订 last_revision	2024-07-24
结构标题 title	IRED crystal structure
关键词 keywords	protein engineering, imine reductase, scalable manufacturing, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.94 Å
零角强度 I(0) i0	53572100.00
分子量 molecular_weight	56956.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71331 Å³
包络体积 envelope_volume	82534 Å³
水化壳体积 shell_volume	28431 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.2 Å
壳层 Rg shell_rg	31.49 Å
包络 Rg envelope_rg	24.25 Å
形状 Rg shape_rg	23.95 Å
总 Rg total_rg	24.77 Å
总原子数 total_atoms	3998
残基数 n_residues	516
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.9 Å
Rg (实空间) rg_real	24.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8876
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.324
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.413
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15320000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.941

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	IRED
分子量 formula_weight	28069.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4659

MYPDLKGKVVAITGAATGLGKAMAIRFGKEHAKVVINYYSNTQDPNAVKEEVIKAGGEAVVVQGDVTKEEDVKNIVQTAIKEFGTLDIMINNAGVENPVPSHELPLKDWDKVIATNLTGAFLGSREAIKYFVENDIKGNVINMSSVREVIPWPWNVHYASSKGGMKLMTKTLALEYASNGIRVNNIGPGAINTTGNAERWADPKLKADVESMIPMGYIGEPEEIAAVAAWLASKEASYVTGITLFADGGMTLGPAFEPGRE

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	462

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.844 Å
晶胞边长 b length_b	127.698 Å
晶胞边长 c length_c	63.598 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.38 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.370 Å
最低分辨率 resolution_low	48.500 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1188
R_free r_free	0.1438

fit	/app/data/saxs_computation/w0/8w0n/8w0n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w0/8w0n/8w0n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w0/8w0n/8w0n.dat