8w0z

Human LCAD complexed with Lauric Acid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 178.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8w0z
沉积日期 deposition_date	2024-02-14
最后修订 last_revision	2024-06-19
结构标题 title	Human LCAD complexed with Lauric Acid
关键词 keywords	Fatty acid beta-oxidation, LCAD, E291Q, Flavoprotein, cholesterol metabolism; FLAVOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.99 Å
零角强度 I(0) i0	1827680000.00
分子量 molecular_weight	359650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	450590 Å³
包络体积 envelope_volume	580780 Å³
水化壳体积 shell_volume	91755 Å³
包络直径 envelope_diameter	186.2 Å
壳层 Rg shell_rg	56.03 Å
包络 Rg envelope_rg	51.37 Å
形状 Rg shape_rg	52.00 Å
总 Rg total_rg	52.06 Å
总原子数 total_atoms	25312
残基数 n_residues	3163
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	178.4 Å
Rg (实空间) rg_real	52.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8280e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4970e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1827000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6515
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.372
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.476
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	178700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.793

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Long-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial
分子量 formula_weight	44493.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.8.8
突变 mutation	E291Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	27170

GGEERLETPSAKKLTDIGIRRIFSPEHDIFRKSVRKFFQEEVIPHHSEWEKAGEVSREVWEKAGKQGLLGVNIAEHLGGIGGDLYSAAIVWEEQAYSNCSGPGFSIHSGIVMSYITNHGSEEQIKHFIPQMTAGKCIGAIAMTEPGAGSDLQGIKTNAKKDGSDWILNGSKVFISNGSLSDVVIVVAVTNHEAPSPAHGISLFLVENGMKGFIKGRKLHKMGLKAQDTAELFFEDIRLPASALLGEENKGFYYIMKELPQQRLLIADVAISASEFMFEETRNYVKQRKAFGKTVAHLQTVQHKLAELKTHICVTRAFVDNCLQLHEAKRLDSATACMAKYWASELQNSVAYDCVQLHGGWGYMWEYPIAKAYVDARVQPIYGGTNEIMKELIAREIVFDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	LAURIC ACID
分子量 formula_weight	200.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1858

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.288 Å
晶胞边长 b length_b	94.842 Å
晶胞边长 c length_c	119.163 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.24 °
晶胞夹角 β angle_beta	74.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	88.35 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.120 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2560

fit	/app/data/saxs_computation/w0/8w0z/8w0z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w0/8w0z/8w0z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w0/8w0z/8w0z.dat

Human LCAD complexed with Lauric Acid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction