8w1m

T.thermophilus DNAK nucleotide binding domain in complex with ADP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8w1m
沉积日期 deposition_date	2024-02-16
结构标题 title	T.thermophilus DNAK nucleotide binding domain in complex with ADP
关键词 keywords	DNAK, Hsp70, nucleotide binding, ATPase, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.76 Å
零角强度 I(0) i0	106847000.00
分子量 molecular_weight	81872.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102990 Å³
包络体积 envelope_volume	125500 Å³
水化壳体积 shell_volume	38126 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.2 Å
壳层 Rg shell_rg	35.09 Å
包络 Rg envelope_rg	26.67 Å
形状 Rg shape_rg	26.79 Å
总 Rg total_rg	27.51 Å
总原子数 total_atoms	5750
残基数 n_residues	760
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.0 Å
Rg (实空间) rg_real	27.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	106900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8885
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.241
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.358
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	46980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Chaperone protein DnaK
分子量 formula_weight	41256.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5779

MAKAVGIDLGTTNSVIAVLEGGKPVVLENAEGERVTPSVVAFRDGETLVGRMAKRQAVLNPEGTIFEIKRFIGRRFEEVQEEAKRVPYKVVPGPDGGVRVEVKGKLYTPEEISAMILRKLVEDASKKLGEKITKAVITVPAYFNNAQREATANAGRIAGLEVLRIINEPTAAALAYGLDKKGNETVLVFDLGGGTFDVTILEIGEGVFEVKATSGDTHLGGSDMDHAIVNWLAEEFKKEHGVDLKADRQALQRLIEAAEKAKIELSSTLETTISLPFIALDPASKTPLHLEKKLTRAKFEELIQPLLKRLRGPVEQALKDAGLTPAQIDEVILVGGATRVPAVQQVVRELLGKEPNRSVNPDEVVAMGAAIQAGVLMGEVRD

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	29

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.761 Å
晶胞边长 b length_b	179.939 Å
晶胞边长 c length_c	66.587 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	46.100 Å
R 因子 r_factor	0.2270
R_work r_work	0.2252
R_free r_free	0.2594

fit	/app/data/saxs_computation/w1/8w1m/8w1m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w1/8w1m/8w1m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w1/8w1m/8w1m.dat

T.thermophilus DNAK nucleotide binding domain in complex with ADP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction