8w49

mouse isocitrate dehydrogenase with isocitrate and magnesium

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 124.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8w49
沉积日期 deposition_date	2023-08-23
结构标题 title	mouse isocitrate dehydrogenase with isocitrate and magnesium
关键词 keywords	isocitrate dehydrogenase enzyme-substrate complex oxidoreductase homodimer, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.33 Å
零角强度 I(0) i0	537013000.00
分子量 molecular_weight	188380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	235290 Å³
包络体积 envelope_volume	290530 Å³
水化壳体积 shell_volume	62578 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.0 Å
壳层 Rg shell_rg	45.02 Å
包络 Rg envelope_rg	37.08 Å
形状 Rg shape_rg	37.37 Å
总 Rg total_rg	37.64 Å
总原子数 total_atoms	13214
残基数 n_residues	1645
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.3 Å
Rg (实空间) rg_real	37.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.3160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	537000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8946
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.252
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.506
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	217100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.968

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
分子量 formula_weight	46736.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.42
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14744

MSRKIQGGSVVEMQGDEMTRIIWELIKEKLILPYVELDLHSYDLGIENRDATNDQVTKDAAEAIKKYNVGVKCATITPDEKRVEEFKLKQMWKSPNGTIRNILGGTVFREAIICKNIPRLVTGWVKPIIIGRHAYGDQYRATDFVVPGPGKVEITYTPKDGTQKVTYMVHDFEEGGGVAMGMYNQDKSIEDFAHSSFQMALSKGWPLYLSTKNTILKKYDGRFKDIFQEIYDKKYKSQFEAQKICYEHRLIDDMVAQAMKSEGGFIWACKNYDGDVQSDSVAQGYGSLGMMTSVLICPDGKTVEAEAAHGTVTRHYRMYQKGQETSTNPIASIFAWSRGLAHRAKLDNNTELSFFAKALEDVCIETIEAGFMTKDLAACIKGLPNVQRSDYLNTFEFMDKLGENLKAKLAQAKL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	ISOCITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1520

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	98.627 Å
晶胞边长 b length_b	93.448 Å
晶胞边长 c length_c	111.275 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.770 Å
最低分辨率 resolution_low	33.900 Å
R 因子 r_factor	0.1699
R_work r_work	0.1695
R_free r_free	0.2051

fit	/app/data/saxs_computation/w4/8w49/8w49.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w4/8w49/8w49.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w4/8w49/8w49.dat