8w4o

Structure of PSII-FCPII-G/H complex in the PSII-FCPII supercomplex from Cyclotella meneghiniana

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 106.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8w4o
沉积日期 deposition_date	2023-08-24
结构标题 title	Structure of PSII-FCPII-G/H complex in the PSII-FCPII supercomplex from Cyclotella meneghiniana
关键词 keywords	PSII-FCPII, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.18 Å
零角强度 I(0) i0	65611000.00
分子量 molecular_weight	84247.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112850 Å³
包络体积 envelope_volume	141890 Å³
水化壳体积 shell_volume	37366 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.9 Å
壳层 Rg shell_rg	38.67 Å
包络 Rg envelope_rg	31.76 Å
形状 Rg shape_rg	32.16 Å
总 Rg total_rg	33.00 Å
总原子数 total_atoms	6046
残基数 n_residues	497
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.2 Å
Rg (实空间) rg_real	33.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	65610000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9041
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.260
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.543
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3994000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.889

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	FCPII-G, Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
分子量 formula_weight	18512.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5
原子数 atom_count	6046

APPGLVGALPPVGFFDPAGFAAKASPEELSRYREVEIMHGRFAQLAVLGFIIPEKCAYDGSFGDDFLAPTGRALEVFNTDPLWLGLTLAVISALETVRLIETEPGTRTDAKIESLGWRPKTESEYINYQVRELQQGRLAMLAFAGEVAQELVNDKPLLVNLQDSGFVSW

Entity 2 polymer

描述 description	FCPII-H2, Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
分子量 formula_weight	18251.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7

FENELGVIAPTGFFDPLGLSKNISKEKFDEYRTAELKHGRAAMLAVLGYIAPETYRFGFDIAPGVSTYDIPNGVAAIDYIPALGWAQIIFLIGAVDYWGVLGDFSFGKPDLGDKEEERKLQELQHGRLAMLAFLELLRHDSQNFVSPGFDGYDKMITGLPFMYG

Entity 3 polymer

描述 description	FCPII-H1, Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
分子量 formula_weight	18085.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6

FENELGVIAPTGFFDPLGFTQDIDQEKFDQYRTAELKHGRVAQLAVVGYVVPEFFRWGFDIAPGIACADVPNGVAAINAIPALGWAQIIFAIGAVDVRGWFGNFDIGKPDLKGKEEERALQELQHGRLAMLAILELLRHDSQNLVKPGFDGLDNLITGLPFLYN

Entity 4 non-polymer

描述 description	;(3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate ;
分子量 formula_weight	658.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	;(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	566.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
分子量 formula_weight	582.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.23 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	314409

fit	/app/data/saxs_computation/w4/8w4o/8w4o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w4/8w4o/8w4o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w4/8w4o/8w4o.dat

Structure of PSII-FCPII-G/H complex in the PSII-FCPII supercomplex from Cyclotella meneghiniana

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)