8w7d

Crystal structure of EcPPAT-FR901483 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 125.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8w7d
沉积日期 deposition_date	2023-08-30
结构标题 title	Crystal structure of EcPPAT-FR901483 complex
关键词 keywords	PPAT, FR901483, immunosuppressant, self-resistance enzyme, molecular targeted drug, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.75 Å
零角强度 I(0) i0	665919000.00
分子量 molecular_weight	210470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	262700 Å³
包络体积 envelope_volume	343840 Å³
水化壳体积 shell_volume	68549 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.7 Å
壳层 Rg shell_rg	48.97 Å
包络 Rg envelope_rg	38.75 Å
形状 Rg shape_rg	39.77 Å
总 Rg total_rg	40.11 Å
总原子数 total_atoms	14929
残基数 n_residues	1868
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.3 Å
Rg (实空间) rg_real	40.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0660e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	666000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9073
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.080
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.705
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	195400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.946

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Amidophosphoribosyltransferase
分子量 formula_weight	57838.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14929

MCGIVGIAGVMPVNQSIYDALTVLQHRGQDAAGIITIDANNCFRLRKANGLVSDVFEARHMQRLQGNMGIGHVRYPTAGSSSASEAQPFYVNSPYGITLAHNGNLTNAHELRKKLFEEKRRHINTTSDSEILLNIFASELDNFRHYPLEADNIFAAIAATNRLIRGAYACVAMIIGHGMVAFRDPNGIRPLVLGKRDIDENRTEYMVASESVALDTLGFDFLRDVAPGEAIYITEEGQLFTRQCADNPVSNPCLFEYVYFARPDSFIDKISVYSARVNMGTKLGEKIAREWEDLDIDVVIPIPETSCDIALEIARILGKPYRQGFVKNRYVGRTFIMPGQQLRRKSVRRKLNANRAEFRDKNVLLVDDSIVRGTTSEQIIEMAREAGAKKVYLASAAPEIRFPNVYGIDMPSATELIAHGREVDEIRQIIGADGLIFQDLNDLIDAVRAENPDIQQFECSVFNGVYVTKDVDQGYLDFLDTLRNDDAKAVQRQNEVENLEMHNEGAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;[(1S,3S,6S,7S,8R,9S)-6-[(4-methoxyphenyl)methyl]-3-(methylamino)-7-oxidanyl-5-azatricyclo[6.3.1.0^1,5]dodecan-9-yl] dihydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	426.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	93.181 Å
晶胞边长 b length_b	114.743 Å
晶胞边长 c length_c	203.990 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.810 Å
最低分辨率 resolution_low	48.854 Å
R 因子 r_factor	0.2055
R_work r_work	0.2033
R_free r_free	0.2633

fit	/app/data/saxs_computation/w7/8w7d/8w7d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w7/8w7d/8w7d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w7/8w7d/8w7d.dat

Crystal structure of EcPPAT-FR901483 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)