8w7r

H. walsbyi bacteriorhodopsin mutant - W94F

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8w7r
沉积日期 deposition_date	2023-08-31
结构标题 title	H. walsbyi bacteriorhodopsin mutant - W94F
关键词 keywords	bacteriorhodopsin, light-driven proton pump, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.99 Å
零角强度 I(0) i0	33814000.00
分子量 molecular_weight	52509.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68892 Å³
包络体积 envelope_volume	77908 Å³
水化壳体积 shell_volume	26864 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.46 Å
包络 Rg envelope_rg	23.97 Å
形状 Rg shape_rg	23.97 Å
总 Rg total_rg	25.00 Å
总原子数 total_atoms	3711
残基数 n_residues	458
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.6 Å
Rg (实空间) rg_real	25.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9087
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.161
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.567
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	5414000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Bacteriorhodopsin-I
分子量 formula_weight	28451.1 kDa
突变 mutation	W94F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3743

MAQLALQMSSLGVEGEGIWLALGTIGMLLGMLYFIADGLDVQDPRQKEFYVITILIPAIAAASYLSMFFGFGLTEVSLANGRVVDVYWARYADFLFTTPLLLLDIGLLAGASQRDIGALVGIDAFMIVTGLVATLTKVVVARYAFWTISTISMVFLLYYLVAVFGEAVSDADEDTRSTFNALRNIILVTWAIYPVAWLVGTEGLALTGLYGETLLFMVLDLVAKVGFGFILLRSRAIMGGGSEPTPSAQETAADLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Haloquadratum walsbyi DSM 16790
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	362976
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.499 Å
晶胞边长 b length_b	126.747 Å
晶胞边长 c length_c	55.037 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.44 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.503 Å
最低分辨率 resolution_low	26.960 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2127
R_free r_free	0.2567

fit	/app/data/saxs_computation/w7/8w7r/8w7r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w7/8w7r/8w7r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w7/8w7r/8w7r.dat