SAXSdb — 8w83

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8w83
沉积日期 deposition_date	2023-08-31
结构标题 title	HLA-DQ2.5-alpha1 gliadin peptide in complex with DQN0344AE02
关键词 keywords	CELIAC DISEASE, ANTIBODY, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.73 Å
零角强度 I(0) i0	1625130000.00
分子量 molecular_weight	334710.0 kDa
排除体积 excluded_volume	416670 Å³
包络体积 envelope_volume	663240 Å³
水化壳体积 shell_volume	98170 Å³
包络直径 envelope_diameter	206.2 Å
壳层 Rg shell_rg	59.24 Å
包络 Rg envelope_rg	55.22 Å
形状 Rg shape_rg	56.69 Å
总 Rg total_rg	56.92 Å
总原子数 total_atoms	23643
残基数 n_residues	3145
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	184.7 Å
Rg (实空间) rg_real	56.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6250e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3750e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1626000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8132
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	72.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.181
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.337
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	83830000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	DQN0344AE02 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24573.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M
原子数 atom_count	23643

QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSSYWMCWVRQAPGQGLEWMGCVYGGSDTTYYASWTKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDPLNYYYYGELNLWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	DQN0344AE02 Fab light chain
分子量 formula_weight	23483.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQATENIYSGLAWYQQKPGKAPKLLIYYVSTLASGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQTYHDISEVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
分子量 formula_weight	21396.9 kDa
突变 mutation	C47S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O

EDIVADHVASYGVNLYQSYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLGRKETVWSLPVLRQFRFDPQFALTNIAVLKHNLNSLIKRSNSTAATNEVPEVTVFSKSPVTLGQPNILICLVDNIFPPVVNITWLSNGHSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKISYLTLLPSAEESYDCKVEHWGLDKPLLKHWEPELEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	MHC class II HLA-DQ-beta-1 - alpha1 gliadin peptide chimeric protein
分子量 formula_weight	25851.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P

QLQPFPQPELPYPGSGGGGSIEGRGSGGGSRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVSRSIYNREEIVRFDSDVGEFRAVTLLGLPAAEYWNSQKDILERKRAAVDRVCRHNYQLELRTTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLIRNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRALEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	87.488 Å
晶胞边长 b length_b	174.235 Å
晶胞边长 c length_c	129.656 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.17 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.818 Å
最低分辨率 resolution_low	54.860 Å
R 因子 r_factor	0.2800
R_work r_work	0.2779
R_free r_free	0.3209

fit	/app/data/saxs_computation/w8/8w83/8w83.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w8/8w83/8w83.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w8/8w83/8w83.dat

HLA-DQ2.5-alpha1 gliadin peptide in complex with DQN0344AE02

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)