SAXSdb — 8wce

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wce
沉积日期 deposition_date	2023-09-11
结构标题 title	Cryo-EM structure of a protein-RNA complex
关键词 keywords	RNA, ribonuclease, RNA BINDING PROTEIN/RNA, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.79 Å
零角强度 I(0) i0	423120000.00
分子量 molecular_weight	148730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	178180 Å³
包络体积 envelope_volume	261280 Å³
水化壳体积 shell_volume	56950 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.4 Å
壳层 Rg shell_rg	43.77 Å
包络 Rg envelope_rg	38.54 Å
形状 Rg shape_rg	38.81 Å
总 Rg total_rg	39.02 Å
总原子数 total_atoms	10350
残基数 n_residues	1091
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.5 Å
Rg (实空间) rg_real	38.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	423100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8596
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.481
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.250
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	77390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.800; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.783

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Uncharacterized protein
分子量 formula_weight	130957.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10350

MDTPSKESSGKIIEKLDELKKATQESIEQRKKFDYRIGKGLADKLGNEKDSYFEKYLRKTVGENIPPKILVKPKGGWKTETKGKGKDWGDKITFAAMPQHHYNTLLAMAFTKAHKVYSDIRGKVEIDAAQYETKAKLIEVEYGKDETRGLSGLEYLMMSKHLFSGKNSNIKLAVKKGETEILKEYALNEKLIYTVLDELRNFHSHIFHEPGPVSFKNLYGDEYKPEKKLTEEEWAIARDWFVNRFNDAKEHKLKTLAKVLEREGTTEEKEDAEKVIKTISGYSFEYNNCISREALLFIACMFLRKSDAAYFTKKWTGMKKAEGVFKSTQSFFTDNALKESKSILTLNADLYKYRQILGVLSTMPAMKTDSLKPFYDFIKINNDSYSEKAEKARSKEEKEKIQAFIIPQRKSSNYTYWFMKYLNDNKLLDGFRIAYYKTPEDRFMYLIHNGLISQDDLENIEDFKTPDEKLKYLREKGFNLKLKMKQAVGDEKKSLTEIYKETQRNFVFKVPTIENDNFCVKKLNVFFQTDIEFNGQKISVQLSVSPDFLMKWVFVLLITGEDSIKNAITEKKEKIKDILKKYAEEYYNRCITSNFNEPLMGLEASKVFPSSLTSTVEIDEKIDKDKILMRISEKYNELTKFDEENKSRKAPWRFASKRKIDIILDYVHLVYSDRAFDEKKSVDAMRHEALNDMEYMDTFEYLRYYGRYRETEEFKKIFFEDKKLYFSPILKAMKQLDSLEGVFNFAITGFLNYLKGIQSKVTDENTNKYGKVFKVTGKSLTSKIGHHSEMFSVNHCVPQELIKLNDIKGYMKWKHETKDKLWISDFAFIRNVLESRGGFSNTDYLMKEVMPLITFEKNEKGSIKGNTQMFVALSRNKTNELMLWEIGKYYWKEATGSEFSRLFKGLEKNTGNKITKAYRFTNPYYTIYQEDLDIKIQRKDKKGKVIVNSPVYTIKIKPKKFDDEYQYYEQEHIVDYIENYEPKKGIDGHWHFEELNKKIKDELARYLDDIYLLMTVEKHIVQKDFDKYASLLKEKDSKLPPYYIGFKRNDIALNKVIFDALKHKGSFSADDLNIYRINVLHQILQPKREKYIIIRKSLIEYCAENKLLKTM

来源 Source

来源生物 organism	unidentified
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32644
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	RNA (66-MER)
分子量 formula_weight	21257.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G

UGCUUCACGUAGGCCUUGGAGCCGUACAUGGUUGUAACAAGCCUAAGUUUGAAAGGUAAAAACAAC

Entity 3 polymer

描述 description	RNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9973.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	T

GCAUGUACGGCUCCAAGGCCUACGUGAAGCA

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.09 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	291461

fit	/app/data/saxs_computation/wc/8wce/8wce.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wc/8wce/8wce.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wc/8wce/8wce.dat

Cryo-EM structure of a protein-RNA complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)