8wcp

Cryo-EM structure of human disease-associated P301L Tau amyloid fibril from mouse brain

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 95.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wcp
沉积日期 deposition_date	2023-09-13
最后修订 last_revision	2024-06-19
结构标题 title	Cryo-EM structure of human disease-associated P301L Tau amyloid fibril from mouse brain
关键词 keywords	amyloid, PROTEIN FIBRIL; PROTEIN FIBRIL
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.58 Å
零角强度 I(0) i0	8816330.00
分子量 molecular_weight	21898.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27344 Å³
包络体积 envelope_volume	40194 Å³
水化壳体积 shell_volume	14144 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.9 Å
壳层 Rg shell_rg	30.27 Å
包络 Rg envelope_rg	28.22 Å
形状 Rg shape_rg	27.57 Å
总 Rg total_rg	27.94 Å
总原子数 total_atoms	1536
残基数 n_residues	225
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.3 Å
Rg (实空间) rg_real	27.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.8160e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8815000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7438
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.559
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.517
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	443200.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.545; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.224; Smooth: 0.807

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	P301L Tau amyloid fibril from rTg4510 mice
分子量 formula_weight	40089.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	1536

MAEPRQEFEVMEDHAGTYGLGDRKDQGGYTMHQDQEGDTDAGLKAEEAGIGDTPSLEDEAAGHVTQARMVSKSKDGTGSDDKKAKGADGKTKIATPRGAAPPGQKGQANATRIPAKTPPAPKTPPSSGEPPKSGDRSGYSSPGSPGTPGSRSRTPSLPTPPTREPKKVAVVRTPPKSPSSAKSRLQTAPVPMPDLKNVKSKIGSTENLKHQPGGGKVQIINKKLDLSNVQSKCGSKDNIKHVLGGGSVQIVYKPVDLSKVTSKCGSLGNIHHKPGGGQVEVKSEKLDFKDRVQSKIGSLDNITHVPGGGNKKIETHKLTFRENAKAKTDHGAEIVYKSPVVSGDTSPRHLSNVSSTGSIDMVDSPQLATLADEVSASLAKQGL

Entity 2 polymer

描述 description	Island B
分子量 formula_weight	869.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

XXXXXXXXXX

Entity 3 polymer

描述 description	Island A
分子量 formula_weight	784.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,G,I

XXXXXXXXX

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.28 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	92188

fit	/app/data/saxs_computation/wc/8wcp/8wcp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wc/8wcp/8wcp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wc/8wcp/8wcp.dat

Cryo-EM structure of human disease-associated P301L Tau amyloid fibril from mouse brain

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)