8wdv

Photosynthetic LH1-RC complex from the purple sulfur bacterium Allochromatium vinosum purified by Ca2+-DEAE

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 129.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wdv
沉积日期 deposition_date	2023-09-16
结构标题 title	Photosynthetic LH1-RC complex from the purple sulfur bacterium Allochromatium vinosum purified by Ca2+-DEAE
关键词 keywords	LH1-RC COMPLEX, PHOTOSYNTHESIS, PURPLE SULFUR BACTERIA; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.23 Å
零角强度 I(0) i0	1213470000.00
分子量 molecular_weight	365150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	486060 Å³
包络体积 envelope_volume	577200 Å³
水化壳体积 shell_volume	103020 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.1 Å
壳层 Rg shell_rg	53.74 Å
包络 Rg envelope_rg	42.84 Å
形状 Rg shape_rg	43.21 Å
总 Rg total_rg	43.82 Å
总原子数 total_atoms	25905
残基数 n_residues	2571
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.6 Å
Rg (实空间) rg_real	43.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2130e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9290e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1214000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8756
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.059
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.513
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	135300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.583

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (25)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	41512.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	26261

MNLGKQLTLPAVAVVASVVLLGCERPPPEVVQKGYRGVAMEQNYNPRLLEASIKANLPVESLPAAAPGGPSVSDVYENVQVLKDLSVAEFTRTMVAVTTWVAPKEGCNYCHVPGNWASDDIYTKVVSRRMFELVRATNSNWKDHVAETGVTCYTCHRGNPVPKYVWVTDPGPNQPSGVTPTGQNYASSTVAYSALPLDPYTPFLDQSNEIRVIGQTALPAGNTTSLKQAEWTYGLMMQISDSLGVNCTFCHNSRSFYDWKQSTPQRTTAWYAIRHVRDINQNYIWPLNDALPASRKGPYGDPFKVGCMTCHQGAYKPLYGAQMAKDYPALYESAPAEAAPATEEAPAAEAEAVEAAPVEEAAPAPVEQAAAPVEDAAPAPQQL

Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	31217.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MAMLSFERKYRVRGGTLIGGDLFDFWVGPFYVGFFGVAGFFFALLGVLLIVWGATIGPNAELQTYNIWQISIAPPDLSYGLGMAPMTEGGLWQIITICAIGAFVSWALREVEICRKLGIGFHIPFAFAFAIGAYLVLVVVRPILMGAWGHGFPYGILSHLDWVSNVGYQFLHFHYNPAHMLAITFFFTNCLALSMHGSLILSVTNPQKGEEVKTSEHENTFFRDIVGYSIGALAIHRLGLFLALSAVFWSAVCIVISGPFWTRGWPEWWNWWLELPLW

Entity 3 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	36364.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MPEYQNIFTTVQVRAPAYPGVPLPKGSLPRIGKPIFSYWAGKIGDAQIGPIYLGFTGTLSIIFGFMAIFIIGFNMLASVDWNIIQFVKHFFWLGLEPPAPQYGLTIPPLSEGGWWLMAGFFLTMSILLWWVRTYKRAEALGMSQHLSWAFAAAIFFYLSLGFIRPVMMGSWAEAVPFGIFPHLDWTAAFSIRYGNLYYNPFHMLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRFGGDREIDQITDRGTAAERAAIFWRWTMGFNASMESIHRWAWWCAVLTVITAGIGILLTGTVVENWYLWAIKHGVAPAYPEVVTAVDPYATATGVTQ

Entity 4 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center H subunit
分子量 formula_weight	28231.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSAAITEYMDVAQLTIWAFWFFFAGLIIYLRREDKREGYPLDSDRTERSGGRVKVVGFPDLAEPKTFVLPHNAGTVMAPRVEAPTSINATPVAPFPGAPFEPNGDPMLSGFGPSASPDRAKHCDLTFEGLPKIVPLRVATDFSIAERDPDPRGMTVVGLDGEVAGTVSDVWVDRSEPQIRYLEVKVAAGGKNVLLPIGFSRFDKKARKVKVAAIKAAHFANVPTLAKPDQITLYEEDKVCAYYAGGKLYATAERAGPLL

Entity 5 polymer

描述 description	Antenna complex alpha/beta subunit
分子量 formula_weight	5136.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,I,K,O,Q,1,5,7,9

MHKIWQIFDPRRTLVALFGFLFVLGLLIHFILLSSPAFNWLSGS

Entity 6 polymer

描述 description	Antenna complex alpha/beta subunit
分子量 formula_weight	5269.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,J,N,P,R,2,4,6,8,0

MANSSMTGLTEQEAQEFHGIFVQSMTAFFGIVVIAHILAWLWRPWL

Entity 7 polymer

描述 description	Antenna complex alpha/beta subunit
分子量 formula_weight	7244.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,S,U,W,Y

MSPDLWKIWLLVDPRRILIAVFAFLTVLGLAIHMILLSTAEFNWLEDGVPAATVQQVTPVVPQR

Entity 8 polymer

描述 description	Antenna complex alpha/beta subunit
分子量 formula_weight	5518.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G,T,V,X,Z

MADQKSMTGLTEEEAKEFHGIFTQSMTMFFGIVIIAHILAWLWRPWL

Entity 9 polymer

描述 description	Antenna complex alpha/beta subunit
分子量 formula_weight	7392.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

MMPQLYKIWLAFDPRMALIGLGAFLFALALFIHYMLLRSPEFDWLLGPDYAPVTLSAGMSALPAGR

Entity 10 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 13 non-polymer

描述 description	(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 14 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 15 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 16 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

Entity 17 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 18 non-polymer

描述 description	Ubiquinone-8
分子量 formula_weight	727.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 19 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 20 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE 8
分子量 formula_weight	717.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 21 non-polymer

描述 description	SPIRILLOXANTHIN
分子量 formula_weight	596.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 22 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 23 non-polymer

描述 description	LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
分子量 formula_weight	229.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 24 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	19

Entity 25 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	354

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.24 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	219233

fit	/app/data/saxs_computation/wd/8wdv/8wdv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wd/8wdv/8wdv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wd/8wdv/8wdv.dat

Photosynthetic LH1-RC complex from the purple sulfur bacterium Allochromatium vinosum purified by Ca2+-DEAE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (25)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)