8wef

Crystal structure of Brassica napus MIK2 ectodomain in complex with Fusarium oxysporum SCOOPL

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wef
沉积日期 deposition_date	2023-09-17
结构标题 title	Crystal structure of Brassica napus MIK2 ectodomain in complex with Fusarium oxysporum SCOOPL
关键词 keywords	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.42 Å
零角强度 I(0) i0	87150000.00
分子量 molecular_weight	75104.0 kDa
排除体积 excluded_volume	94117 Å³
包络体积 envelope_volume	128380 Å³
水化壳体积 shell_volume	30790 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.6 Å
壳层 Rg shell_rg	41.26 Å
包络 Rg envelope_rg	34.64 Å
形状 Rg shape_rg	35.42 Å
总 Rg total_rg	35.87 Å
总原子数 total_atoms	5280
残基数 n_residues	649
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.2 Å
Rg (实空间) rg_real	36.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3810e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	87140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7943
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.250
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.782
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.789; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.738; Smooth: 0.222

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	MALE DISCOVERER 1-INTERACTING RECEPTOR-LIKE KINASE 2
分子量 formula_weight	74230.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5450

TVSEANALLKWKSTFTNQTSSSKLSSWVNPNTSFCRSWYGVSCVRNSIIRLNLTNTDIEGTFQDFPFSALPNLSYVDLSMNRFSGTIPPQFGDFSKLIYFDLSINQLVGEIPSELGKLSNLETLHLVENKLNGSIPSEIGRLTKLHEIALYDNLLTGPIPSSFGNLTNLANLYLFINSLSGPIPPELGNLSSLAELCLDRNKLTGQIPSSFGKLKNVTLLNMFENNLTGEIPPEIGDMSALDTLSLHTNNLTGSIPSSLGNLKNLAILHLYLNKLTGSIPEELGDMETMIDLEISENKLTGPVPGSFGKLTKLEWLFLRDNHLSGPIPPGIANSSVLTVLQLDTNNFTGVLPETICRSGKLENLTLDDNLLSGPIPISLTNCKSLIRARFKGNSFSGDISESFGEYPNLNFIDLSNNKFRGQISPKWEKSRKLVAFIATDNNITGPIPPEIWNMTQLNQLDLSSNNISGELPETISKLTRVSKLQLNGNQLSGRIPSGIRSLANLEYLDLSSNRFSFQIPATLDSLPRLYYMNLSRNDLDQNIPMGLTKLSQLQTLDLSHNNLDGEIPSQFTSLQNLEKLYLQHNNLSGPIPSSFSEMKSLTHVDVSHNNLEGPIPDNAAFKNARPDALEGNRDLCGSNTTQGLKPCEITPSGKKKSNKDEFHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Brassica napus
通用名 common_name	rape
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3708
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	a SCOOP-like peptide from F. oxysporum f. sp. conglutinans strain Fo5176
分子量 formula_weight	1349.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ESSSSHSERAGGR

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	170

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	155.959 Å
晶胞边长 b length_b	155.959 Å
晶胞边长 c length_c	125.087 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	29.710 Å
R 因子 r_factor	0.1862
R_work r_work	0.1848
R_free r_free	0.2113

fit	/app/data/saxs_computation/we/8wef/8wef.fit
pddf	/app/data/pr_computation/we/8wef/8wef.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/we/8wef/8wef.dat

Crystal structure of Brassica napus MIK2 ectodomain in complex with Fusarium oxysporum SCOOPL

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)