8weh

Crystal structure of Brassica napus MIK2 ectodomain (N393A mutant)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 116.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8weh
沉积日期 deposition_date	2023-09-17
结构标题 title	Crystal structure of Brassica napus MIK2 ectodomain (N393A mutant)
关键词 keywords	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.70 Å
零角强度 I(0) i0	84904200.00
分子量 molecular_weight	74338.0 kDa
排除体积 excluded_volume	93250 Å³
包络体积 envelope_volume	128610 Å³
水化壳体积 shell_volume	30742 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.53 Å
包络 Rg envelope_rg	34.57 Å
形状 Rg shape_rg	35.69 Å
总 Rg total_rg	36.16 Å
总原子数 total_atoms	5227
残基数 n_residues	644
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	116.3 Å
Rg (实空间) rg_real	36.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.4900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	84900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8339
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.233
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.806
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.698; Smooth: 0.763

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	MALE DISCOVERER 1-INTERACTING RECEPTOR-LIKE KINASE 2
分子量 formula_weight	74187.6 kDa
突变 mutation	N393A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5227

TVSEANALLKWKSTFTNQTSSSKLSSWVNPNTSFCRSWYGVSCVRNSIIRLNLTNTDIEGTFQDFPFSALPNLSYVDLSMNRFSGTIPPQFGDFSKLIYFDLSINQLVGEIPSELGKLSNLETLHLVENKLNGSIPSEIGRLTKLHEIALYDNLLTGPIPSSFGNLTNLANLYLFINSLSGPIPPELGNLSSLAELCLDRNKLTGQIPSSFGKLKNVTLLNMFENNLTGEIPPEIGDMSALDTLSLHTNNLTGSIPSSLGNLKNLAILHLYLNKLTGSIPEELGDMETMIDLEISENKLTGPVPGSFGKLTKLEWLFLRDNHLSGPIPPGIANSSVLTVLQLDTNNFTGVLPETICRSGKLEALTLDDNLLSGPIPISLTNCKSLIRARFKGNSFSGDISESFGEYPNLNFIDLSNNKFRGQISPKWEKSRKLVAFIATDNNITGPIPPEIWNMTQLNQLDLSSNNISGELPETISKLTRVSKLQLNGNQLSGRIPSGIRSLANLEYLDLSSNRFSFQIPATLDSLPRLYYMNLSRNDLDQNIPMGLTKLSQLQTLDLSHNNLDGEIPSQFTSLQNLEKLYLQHNNLSGPIPSSFSEMKSLTHVDVSHNNLEGPIPDNAAFKNARPDALEGNRDLCGSNTTQGLKPCEITPSGKKKSNKDEFHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Brassica napus
通用名 common_name	rape
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3708
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	156.845 Å
晶胞边长 b length_b	156.845 Å
晶胞边长 c length_c	125.569 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	36.720 Å
R 因子 r_factor	0.2018
R_work r_work	0.2013
R_free r_free	0.2106

fit	/app/data/saxs_computation/we/8weh/8weh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/we/8weh/8weh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/we/8weh/8weh.dat