8wey

PSI-LHCI of the red alga Cyanidium caldarium RK-1 (NIES-2137)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wey
沉积日期 deposition_date	2023-09-19
结构标题 title	PSI-LHCI of the red alga Cyanidium caldarium RK-1 (NIES-2137)
关键词 keywords	Photosystem I, ELECTRON TRANSPORT, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (26)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	82698.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	36163

MTLTTDKKVKVVVDRDVVATSFEKWAKPGHFSRSLAKGPKTTTWIWNLHADAHDFDSHTSSLEEVSRKIFSAHFGQLAIIFIWLSGMYFHGARFSNYVAWLSNPTGIKPSAQVVWPIVGQQILNADVGGGIQGIQITSGLFQLWRASGIVNELQLYVTAIGGLVMAGLMMFAGWFHYHKAAPKLEWFQNVESMLNHHLAGLLGLGSLSWAGHQIHVSLPVNKLLDAGVAPSSIPLPHEFILNRNLMAELYPSFQQGLAPFFTLNWKQYSDILTFKGGLSPVTGGLWLTDVAHHHLAIAVLFIVAGHMYRTNWGIGHSMKQLLEAHKGPLTGEGHKGLYEVLTTSWHANLAINLAMLGSLSIIVAHHMYSMPPYPYLATDYPTQLSLFTHHMWIGGFCIVGAGAHAAIYMVRDYSPTVNYNNVLDRMIRHRDAIISHLNWVCIFLGTHSFGLYIHNDTMRALGRAQDMFSDTAIQLQPVLAQWIQQIHTLAPGNTAVNALATASYAFGADTVTVGSKIAMMPIKLGTADFMVHHIHAFTIHVTVLILLKGVLFARNSRLIPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSAWDHVFLGLFWMYNALSVVIFHFSWKMQSDVWGTVSSNGTVSHITGGNFAQSAITINGWLRDFLWAQASQVIQSYGSSLSAYGLMFLGAHFVWAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLKVAPSIAPRALSITQGRAVGVAHYLLGGIATTWAFFLARIISVG

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	82160.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTTKFPKFSQALASDPTTRRIWYGIATAHDFETHDGMTEENLYQKIFASHFGHLALIFLWTSGNLFHVAWQGNFEQWIANPLKTKPLAHAIWDPHFGQAALKAFTRGETVANISYSGLYHWWYTIGLRNNVELYSGALGLLVLSAVFLLAGWLHIQPKFKPSLSWFKNNESRLNHHLAGLFGVSSLAWTGHLVHVAIPASRGQHVGWDNFISVAPHPAGLQPFFTGNWSVYAQSPDSMQHVFGTNQGAGTAILTFLGGFHPQTQSLWLTDMAHHHLAIAVIFIVAGHMYRTNFGIGHNLKTILEAHRPPSGRLGKGHIGIYQTLTNSLHFQLGLALACLSVVTSLVAQHMYAMPPYAYMAYDYVTQAALYTHHQYIAGLLIVGAFAHGAIFFIRDYDPEQNQDNVLARMLTHKEAIISHLSWVSLFLGFHTLGLYVHNDVVVAFGNPEKQILIEPIFAQWIQATSGKALYGFHVLLSSSTSNATTAAQQLWLPGWLEAINNESNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTTLILVKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAMFWMLNTIGWITFYWHWKHLSLWQGNVAQFNESSTYLMGWLRDYLWLNSSPLINGYNPYGMNSLSVWAWMFLFAHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETLAWAHERTPLANLIKWKDKPVALSIVQARLVGLVHFTVGYILTYAAFVIASTAGKFS

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8822.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAHTVKIYDNCIGCTQCVRACPLDVLEMVPWDGCKAGQMASAPRTEDCVGCKRCETACPTDFLSIRVYLGGETTRSMGLAY

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II
分子量 formula_weight	15710.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLNLKMPSPNFLGSTGGWLRCAETEEKYAMTWSSNREHVFEMPTGGAATMNAGDNLLYLARKEQALALATQLRTQFKIQDYKIYRIFPSGEVQYLHPKDGVLPYLVNEGREQVGRIKATIGKNVNPAQVKFTSKATYDR

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	6974.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MLKKGSLVKILRPESYWFNEVGTVVSVETSKVLYPVLVRFEKVNYSGLNSTSFALEELQEI

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	20520.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MKLSRLFILACMCVCVDGATADVLTTCQQNEAFHKREANEIRQLQNRQSKYDANSGGYLALQAQIDQVHKRFDKYGELLCGQDGLPHLITDGDWRHAREFTIPAILFLYITGWIGWVGRSYLQYTKQTKNPTEQEIILDLPMAFKYMLSGFLWPLSAWQEYRSGKLLAKEDEISVSPR

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	3408.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MSASYLPSILVPTVGLILPFATMAILFVAIEK

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4426.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MNLKKYLSTAPVVATLWLFLTAGILIELNRFYPDSLFY

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit X
分子量 formula_weight	7105.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MIQFPSSIPVIMVISNLLALAIGRYAIQNPSNETPIIGLNLAQLVATTSFGHIIGVATILGLSNMGII

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XI
分子量 formula_weight	15343.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MSDYIKPYNNDPFVGHLATPINSSSLTRGYLAQLPIYRSGLSPFLRGLEIGMAHGYFLIGPFVELGPLRNTEMKYLAGLLSAVGLVVILTLGMLLYGYVSFTNDSQDVESLEGWRQLASGFLLGAVGGAGFAYLLIYSFIL

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3010.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MITDNQVFVALIMALVCGYLAVKLAAQL

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem I subunit O
分子量 formula_weight	16661.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MYGFVSVLPVASGVQRGQFACTSLKGFHGRVARFQQARLPSAGRARSVGASSLRMFEISDGEQYPLNPAVILIAIIGWSAAAAVPSNIPVLGGTGLTQAFLASIQRLLAQYPTGPKLDDPFWFYLVVYHVGLFALLIFGQIGYAGYARGTYKRSS

Entity 13 polymer

描述 description	Lhcr1
分子量 formula_weight	24117.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,4

MYAFVSAVPLAQRSKLCLKKTNGRSLNRDCAFGYGTLRMEQSPAMPFLSKPPNLSPDMPGYRGFDPLRLSDAFDVNWLLEGEVKNGRVAMLACLHFFVTEYYQFPFYAGAPKLAAPAHDYFVKSGAMIQILVFIGFLEMVLHRGKVLYSDMEWKGRKPGELGFNPLNLPNDKAMKDREINNGRLAMLGFAGIIHGEFLNGKMPIEQITNFQPLQ

Entity 14 polymer

描述 description	Lhcr2
分子量 formula_weight	24128.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2,5

MAFISALSCASLKTGVVGRKVCGLKGAAAGLRMQAPSGAAMPSMPFLKRPSKLDGSLPGGEGCFDPLGFTEVFSLEWMREAEVKHCRVAMLAVLGVIAQEFGTLDFYHAQSKLQLSPDLHNQFVQNGALQQVLLFVCAWEFFVGLPALIESLEGRREPGYFGFDPLKLGGTYGSAQWKRMAAGELRNGRLAMIAFGGFFHQQLLTKQGIIEQLTHFSPLKSS

Entity 15 polymer

描述 description	Lhcr3
分子量 formula_weight	23826.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

MFVWTSTWVAGGVLGSVSQRRGVCVSRQLRMTEAARDSGTSRSVPFVPAPAAVRKSGLAGSEAEFDPLQITSYLPISWMRESEVKHGRIAMLAFVGTLAQQAYQFPWYKGAPTTLVGAHDHFVTTALAQILLFTSAFEILAGVPAAIQTVRGSGRLPGYYGFDPLGLWGKDEASRKRMELAEVKNGRLAMIAMLALWHQEALSGGMGVIEQLVKQKFTP

Entity 16 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A ISOMER
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 17 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	153

Entity 18 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 19 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 20 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 21 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 22 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 23 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	25

Entity 24 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 25 non-polymer

描述 description	Zeaxanthin
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

Entity 26 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	560

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.92 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	228449

PSI-LHCI of the red alga Cyanidium caldarium RK-1 (NIES-2137)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (26)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (0)