SAXSdb — 8wfx

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wfx
沉积日期 deposition_date	2023-09-20
最后修订 last_revision	2024-07-31
结构标题 title	Cryo-EM structure of CRISPR-Csm effector complex from Mycobacterium canettii
关键词 keywords	;Csm effector complex, Mycobacterium canettii, Cryo-EM structure, Csm1, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex ;; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	66.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	68.17 Å
零角强度 I(0) i0	2230360000.00
分子量 molecular_weight	386450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	479970 Å³
包络体积 envelope_volume	701480 Å³
水化壳体积 shell_volume	93894 Å³
包络直径 envelope_diameter	249.6 Å
壳层 Rg shell_rg	55.72 Å
包络 Rg envelope_rg	69.19 Å
形状 Rg shape_rg	68.18 Å
总 Rg total_rg	67.86 Å
总原子数 total_atoms	27176
残基数 n_residues	3369
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	216.2 Å
Rg (实空间) rg_real	67.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2270e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1940e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2219000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7541
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.615
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.416
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0036
最高正则化参数 α highest_alpha	176500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.660; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.757; Smooth: 0.067

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR system Cms protein Csm4
分子量 formula_weight	32264.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M
原子数 atom_count	27176

MNSRLFRFDVVRTHFGDHGLESSTIGCPADTLYSALCVEALRMGGQQLLDELVACSTLRLTDLLPYVGPDYLVPKPLKSVRSDSSSLQKKLAKKIGFLPAAQLGSFLDGTADLDDLAARQTKIGVHAVSAKAAIHNGKKDADPYRVGYFRFEPDAGLWLLATGSESELGLLTRLLKGISALGGERTSGFGAFIPTESEVPAALTPTTAAASLMTLTTSLPTDDELEQALAGATYRLVKRSGFVASATYAETPRRKRDIYKLAAGSVFSRPFQGGILDVSLGGNHPVYSYARPLFLALPESAA

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium canettii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	78331
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	RNA (50-MER)
分子量 formula_weight	16001.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	O

ACGGAAACUUAAAACCGUGUUGCACUGCAACCCGGAAUUCUUGCACGUCG

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium canettii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	78331
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
分子量 formula_weight	91957.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MIPALIETVIGCLLHDIGKPVQRAALGYRGRHSAIGRAFVKKIWLRDGRNPSEFADEVYEPDIEVFDRRILDAISYHHSSALRTAAENGRLAADAPAYVAYIADNIAAGTDRRKADSDDGQGASTWDSDTPLYSVFNRFGADTANLTFAPEMLDDREPMNIPSARRIEFDKYRYTEIVNKLEAVLVDLECSDTYLASLLNVLEATLSFVPSSTDASEVVDVSLFDHLKLTGALGACIWHYLQATGQSDFKSALFDKQDTFYNEKAFLLTTFDVSGIQDFIYTIHSSGAAKMLRARSFYLEMLTEHLIDELLARVGLSRANLNYSGGGHAYLLLPNTEFARNSLEEFEREANEWLLENFATWLFIATGSVPLAANDLMRRPNESGPQAHDRALRYSGLYRELSEQLSAKKLARYSADQLRELNSSDHDGQKGDRECSVCHTVNRTIKTINDLLLCSLCQALTAASQQIQSESRRFLLISEESSDGLPLPFGATLTFCSESGAKQALQQPQTRRLYAKNKFFAGESLGTGLWVGDYVAQMEFGDYVKRASGIARLGVLRLDVDNLGQAFTHGFMKQGNGKFNTISRTAAFSRMLSLFFRQHINYVLKHPKLRPLTGDDPERSRRATIIYSGGDDVFVVGAWDDVIEFGIELRERFHEFTQGKLTVSAGIGMFPDKYPISVMAREVGDLEGAAKSLPGKNGVALFDPEFTFRWDELLSKVIEEKYRHIADYFRCNEERGMAFIYKLLELLDQRGDRITEARWVYFLMRMRGPTDDTTRFQQFANRLHQWFQDPSDAKQLKTALHLYIYRNRKEESE

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium canettii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	78331
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR system Cms protein Csm5
分子量 formula_weight	42167.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MSQYLKPFELTLRCLGPVFIGSGEKRTPKEYVASTSMVYFPDMERLYADVAAQGKSESFEEFMMNTGKAQPDERFNEWIAENGVKVSPKNHGGYGVKIGSIVPGRAHRGRDGQMIQEQRQLNDIHSFIKDVLGNPYVPGSSVKGMLRSIYLQSLVHQRTAQPVRVPGHQTREHRQYGERFERKELRKSGRPNTRPQDAVNDLFQAIRVTDSPGLRTSDLLICQKMDVNVHGKPDGLPLFRECLAPGTSISLRVVVDTSPTARGGWPAGERFLETLSDTVAFVNKARYAEYAAKYWDDDPQFGPIVYLGGGAGYRSKTFVTQQDDMAKVLDAQFPKIKHVAKTRDLGVSPLVLKLTKIGDKYYEMGQCELSIRRAE

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium canettii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	78331
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	CRISPR system Cms protein Csm2
分子量 formula_weight	15006.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,C,B,D,F

MSVIQDDYVKQAEQVIRGLPKKNGDFELTTTQLRVLLSLTAQLFDEAQLSSDQNLSPALRDKVQYLRVRFVYQAGREKAVRVFVERAGLLDELAQIGDSRDRLLKFCHYMEALVAYKKFLDPKETSKETE

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium canettii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	78331
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 polymer

描述 description	CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
分子量 formula_weight	25952.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,G,H

MITGYAKIEITGTITVVTGLHIGAGDGFSAIGAVDKPVVRDPLTKWPMIPGTSLKGKVRTLLSRQYGADTETFYRKPNDDPAQIRRLFGDTKEYKTGRLVFRDTKLTNKDDLEARGAKTLTEVKFENAINRVTAKANPRQMERVIPGSEFAFSLVYEVSFGTPDEEQKASLPSSDEIIEDFNAIARGLKLLELDYLGGSGTRGYGQVKFSDLKARAAVGTLDRSLLEMLNHELAAV

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium canettii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	78331
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.73 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	110023

fit	/app/data/saxs_computation/wf/8wfx/8wfx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wf/8wfx/8wfx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wf/8wfx/8wfx.dat

Cryo-EM structure of CRISPR-Csm effector complex from Mycobacterium canettii

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)