8wg1

Crystal structure of GH97 glucodextranase mutant E509Q from Flavobacterium johnsoniae in complex with panose

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 198.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wg1
沉积日期 deposition_date	2023-09-20
结构标题 title	Crystal structure of GH97 glucodextranase mutant E509Q from Flavobacterium johnsoniae in complex with panose
关键词 keywords	GLYCOSIDE HYDROLASE, GH97, DEXTRAN, TIM-BARREL, ISOMALTOSE, NIGEROSE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.78 Å
零角强度 I(0) i0	1394450000.00
分子量 molecular_weight	312480.0 kDa
排除体积 excluded_volume	390280 Å³
包络体积 envelope_volume	501620 Å³
水化壳体积 shell_volume	79007 Å³
包络直径 envelope_diameter	201.9 Å
壳层 Rg shell_rg	53.00 Å
包络 Rg envelope_rg	55.81 Å
形状 Rg shape_rg	55.77 Å
总 Rg total_rg	55.75 Å
总原子数 total_atoms	22069
残基数 n_residues	2731
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	198.3 Å
Rg (实空间) rg_real	55.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3940e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7780e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1392000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7956
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.556
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.357
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	149800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.642; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.791; Smooth: 0.622

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Candidate alpha-glucosidase Glycoside hydrolase family 97
分子量 formula_weight	77769.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.70
突变 mutation	E509Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	22517

SDLKSPDGNFLMHFSLEADGTPVYKLIYKGKDVIKASKLGFTLKNDNKSLLNDFKIEDTKTSSFDENWKPVWGEVSSIRNNYNELAVSLSQKETDRKMIIRFRLFDDGLGFRYEFPQQNNLIYFTIKEERTQFAMAGDHTAYWIPGDYDTQEYNYSTSKLSEIRGLMEKAYTKGNASQTSFSPTGVQTSLMMKSQDGLYINLHEAALINYSCMHLNLDDKNFVFESWLTPDSHGDKGKMQAPCKTPWRTVIVSDDARNILASKLTYNLNEPSKIQETSWIKPTKYVGVWWEMISGKSTWSYTDEFPSVQLGVTDFSKAKPNRKHGATTANVKRYIDFAAKNGFDAVLVEGWNEGWEDWIGHEKDYVFDFVTPYPDFDIKGLNEYAHAKKVKLIMHHETSGAVRNYERHMDAAYKLMKQYGYDAVKSGYVGNILPLGETHYSQWTNNHYQYAIEKAADYQIMVNAHEAVRPTGIARTYPNLIGNEAARGTQYQAFGNDRNNANHVTILPFTRLIGGPMDYTPGIFEMDVTNGSHVNATIANQLALYVTMYSPLQMAADFPENYERFADAFQFIKDVAVDWDDSRYLEAEPGQYITVARKAKGTDNWFLGNVNGETARVSNIDLGFLEKGKKYTAVIYADAKDANYKTNTQAYTIRKVVVTSNSKLSQFSASGGGYAISFYPVADAA

来源 Source

来源生物 organism	Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / JCM 8514 / NBRC 14942 / NCIMB 11054 / UW101)
通用名 common_name	Cytophaga johnsonae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	376686
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	432

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	290.693 Å
晶胞边长 b length_b	102.708 Å
晶胞边长 c length_c	104.529 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.340 Å
最低分辨率 resolution_low	49.230 Å
R 因子 r_factor	0.2106
R_work r_work	0.2083
R_free r_free	0.2545

fit	/app/data/saxs_computation/wg/8wg1/8wg1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wg/8wg1/8wg1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wg/8wg1/8wg1.dat