SAXSdb — 8wks

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wks
沉积日期 deposition_date	2023-09-28
最后修订 last_revision	2024-05-22
结构标题 title	Cryo-EM structure of DSR2-TUBE complex
关键词 keywords	;Anti-phage immune, NADase, Defense-associated sirtuin 2, DSR2, Phage tail tube protein, DSR Anti Defense 1, DSAD1, Bacteria-phage interaction, STRUCTURAL PROTEIN ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	74.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	75.25 Å
零角强度 I(0) i0	3551430000.00
分子量 molecular_weight	522050.0 kDa
排除体积 excluded_volume	659610 Å³
包络体积 envelope_volume	947340 Å³
水化壳体积 shell_volume	112970 Å³
包络直径 envelope_diameter	254.2 Å
壳层 Rg shell_rg	61.00 Å
包络 Rg envelope_rg	75.10 Å
形状 Rg shape_rg	75.21 Å
总 Rg total_rg	75.13 Å
总原子数 total_atoms	36899
残基数 n_residues	4459
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	226.2 Å
Rg (实空间) rg_real	74.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5430e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3000e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	71.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3526000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7690
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.544
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.640
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0197
最高正则化参数 α highest_alpha	376100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.687; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.912; Smooth: 0.019

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	SIR2-like domain-containing protein
分子量 formula_weight	118437.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,F,H
原子数 atom_count	36899

VKVDLESKRYGEKLKEVFLMLDNNVVECIKEITESSRNGKLVFFVGAGVSTLSDYPQWWRLVDKYHEELYGSPKKGNYSSDEYLRIPQIFYNVKGEMAFDGILKDFFQVDKPTNPIHDKILAMNPAHVITTNYDNLIDTACWKRGKYFSVISAEEDVANATSSRYLLKVAGDFRKGFKGENVVLKEDDYLNYDQNYPLISNLMKTIIATHTIVFIGYGLGDYNINMLLNWVRKLQKDSFHKPFFIRTDPSPIENETLIYYENKGLRIIDAASLIDSNEYDYLERYSAVMDLLIESQENKFITKDDEVIDYIYGKISPLFALQYIRKIDLKHVFEYDYHFEVNGTVVRHKNKGFGYMERFFELKESCDERSKLSKKQYERFNALFNFFEKNGVICMAKDAGTLNTSIEINSLAYHGKYDVMKKFIEEQSVSIEDDYKKAFFLACLGRWEESYDLYSNIILNSIDESNGCVYYLSQINRYRIYQSITQAVTQFNGLGLLTFGRHYKPFTDEFLARIEREMTNFNIDDLFNGMPFEFQKKYKILEFLSDNQFLYDDTVKLFELTNKVRSEMSEGSYSFGMSSDIVVLLRLYDNLRFLYENCLWSVSFHEFHQYIRNSMSLLIEKAEYERTRDIDELGFSFFGKKSGFFMEYYDFVNISRHFKIDDIKNLERSCSIDKIRFGEQEKIEEYLVGIAEEITKQFSANGMNVVFYTQFISEAKAALYFAKYVKLSEEGLGKIVKALLFYFPERDLDIGKRYVWLERLTKCNELPKSIISIIDDFLVLQAEKHIDQNYSEVSSNGLYSRDYGALIKHFEKNFISKRLSEITLCLTQDKQKQIDFLFKLLPLLSTNAKSHLLSFKSVENINDLMNGIRIGLIDEFTPEHEELIIEYLETRKVNYIVEKEKGIQTFSSNDYMSTFGIWYFLEEINNSKMEEFIGMDDQYDFFVDPENFDYKKFIPSWLKNYNDKLLGKIAGNKHMKHHVIEVLKERVKNSNDKRYLEILMNYFI

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. natto (strain BEST195)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	645657
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	TUBE
分子量 formula_weight	29304.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,E,G

MKTVIQDTADVYFKRKSDGKLVFTAEAQTASFSQAISEEKLRGGIGNKPLYILKSEKEINLTVKNAFFDLEWLAMTQGETIQEETKVKVFDREHGLIVDDTNKVTLKGKPVSDVTFYNKKGLTYKIAVSTDGTYTIPTAFAAAKDKLTAVYQIEKVGRRLAIKASKFSERYEVEYRTIAYNPDTEEVYSDIYIQFPNVSPSGEFEMSLENGNALAPEIKFEALADTDTDEMAVVIEASRDENTAAPVEDTTGSTQSSDLGGTTE

来源 Source

来源生物 organism	Siphoviridae sp. ct0106
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2825290
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.58 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	127766

fit	/app/data/saxs_computation/wk/8wks/8wks.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wk/8wks/8wks.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wk/8wks/8wks.dat

Cryo-EM structure of DSR2-TUBE complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)