8wql

In situ PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulina platensis

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 377.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wql
沉积日期 deposition_date	2023-10-11
结构标题 title	In situ PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulina platensis
关键词 keywords	complex, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	142.90 Å
零角强度 I(0) i0	777722000000.00
分子量 molecular_weight	7828000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	9885100 Å³
包络体积 envelope_volume	17028000 Å³
水化壳体积 shell_volume	924930 Å³
包络直径 envelope_diameter	500.7 Å
壳层 Rg shell_rg	157.60 Å
包络 Rg envelope_rg	139.40 Å
形状 Rg shape_rg	142.90 Å
总 Rg total_rg	142.60 Å
总原子数 total_atoms	552008
残基数 n_residues	70718
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	377.7 Å
Rg (实空间) rg_real	139.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4170e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3810e+10
Rg (倒空间) rg_reciprocal	152.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	806600000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9009
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	171.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.106
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.538
角度范围 angular_range	— – 0.0550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.9764
最高正则化参数 α highest_alpha	44870000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	12
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.003; Oscil: 0.996; Stabil: 0.944; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.896; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (48)

Entity 1 polymer

描述 description	LRC1
分子量 formula_weight	29443.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BA,BC,BH,BI,BJ,B2,B3,B5,B6,B7,B8,B9
原子数 atom_count	552008

MVPLPLLSYTTTSFNTRVAGYEVPGDEQPQIYTAENMPSGSEWDTLIWAAYRQIFSEHQMLKSNRQTFLESQLKFGQITVRDFIGGLATSAPFLERNYQTNSNYRFAEMCVQRILGRDVYNEREKIAWSIVIANKGPKGFIEELLNSDEYLDNFGYDTVPYQRRRVLPQRNVGETPFNLKTPRYNEYHRTQLGFPQVIWQTSVRRFVPQEKQPKAGDPANFLAMAKQVSRPANTVTRVALGSINFDTMVPYRQR

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 2 polymer

描述 description	LCM
分子量 formula_weight	102100.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BB,CB,B4,C4

MSVKASGGSSVARPQLYKTVPVSTISQAEQQDRYLGKTELSDLATYFSSGAKRLEIAQVLTQNAELIVSRAANRIFTGGSPLAFLERPEEPEMAMAAAGSGDMEVAEGMKLGTISYVDNRGGGFFDGIKSLFQDSGTGPAVFLPPGFRPINVSRYGPGNMTKSLRDLSWFLRYTTYAIVAGDPNIIAVNVRGLREIIENACSSAATLVALQEMRRSALGYLQNDKEGQEIALQYFNVLISEFEGATPSNKVRQGQSVDQQGLELPQIYFNAAEARQKFVMKSGMSSSEKLDVVKAAYRQVFERDITRAYSQGISDLESKFKNGEISTKEFIRRLGKSPLYRQQFYSRFVNSRVVELAARHFLGRGLSSPEEFSKYFAIVTKGGLAALVDAMVDSTEYADYFGEETVPYLRGLGTEAQECRNWGPQIDLFNYSAPFRKVPQFVTLFGDYKQPLRDQHVYGIGNDPLEIQFGAIFPKETRSPKNRPAPFGKDTRRILIHNGAGIDNQLSNPGARGNAPGSLGPKVFKLDQLPGGYISSKFSNKGGNSGASVKFSESSTQKVIRAAYLQVFGRELYSGQRQTVAEIKLENGDITVREFIRILAKSDVFRNMYWTSLYVCKAIEYIHRRLLGRPTYGRQEMNSYFDLCSKKGFYALVDAIIDSVEYNEAFGEDTIPYERYLTPGGLSLRSMRVGTLAEKMTMVKDEPTPRFVELGTPTDQMKGELEIDNQIKQGVNKRREQSKVFKLTNVTDKVALQTTIGAIYRQIFERDIDPYVTKKEFTALESKLGNGEITVKEFVEALGASALYIREFYTPYPNTKVIELGTKHFLGRAPLNQAEIRKYNQILASQGLKAFIGAMVNSMEYAQVFGEDTVPYRRFPTLPAANFPNTELLYNQLTKQNDELVVPSFEPVLANDRS

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 3 polymer

描述 description	Allophycocyanin alpha chain
分子量 formula_weight	17409.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	64

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;OB,QB,SB,VB,XB,ZB,JF,LF,XF,ZF,AG,GG,IG,KG,NG,PG,RG,TG,JK,LK,XK,ZK,AL,GL,IL,KL,NL,PL,RL,TL,Z4,S4,V4,X4,s4,u4,w4,o4,q4,y4,O4,Q4,sB,uB,wB,oB,qB,yB,bF,dF,fF,iF,kF,9F,4G,6G,bK,dK,fK,iK,kK,9K,4L,6L ;

MSIVTKSIVNADAEARYLSPGELDRIKSFVTSGERRVRIAETMTGARERIIKEAGNQLFQKRPDVVSPGGNAYGEEMTATCLRDLDYYLRLITYGIVAGDVTPIEEIGVVGVREMYKSLGTPIEAVAEGVRAMKSVATSLLSGEDAAEAGAYFDYLIGAMS

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 4 polymer

描述 description	Allophycocyanin beta chain
分子量 formula_weight	17345.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	68

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;PB,RB,TB,WB,YB,IF,KF,MF,YF,HG,JG,LG,MG,OG,SG,UG,WG,IK,KK,MK,YK,HL,JL,LL,ML,OL,SL,UL,WL,a4,T4,W4,Y4,t4,v4,p4,r4,x4,z4,P4,R4,aB,tB,vB,pB,rB,xB,zB,aF,cF,eF,hF,jF,lF,nF,1G,5G,7G,aK,cK,eK,hK,jK,lK,nK,1L,5L,7L ;

MQDAITSVINSSDVQGKYLDASAIQKLKAYFATGELRVRAATTISANAANIVKEAVAKSLLYSDITRPGGNMYTTRRYAACIRDLDYYLRYATYAMLAGDPSILDERVLNGLKETYNSLGVPIGATVQAIQAMKEVTAGLVGADAGKEMGIYFDYICSGLS

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 5 polymer

描述 description	Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
分子量 formula_weight	7775.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	UB,NF,NK,b4,U4,bB,3F,2G,8G,3K,2L,8L

MRSFKVTACVPSQTRIRTQRELQNTYFTKLVPYDNWFREQQRIMKMGGKIVKVELATGKPGTNTGLL

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1
分子量 formula_weight	39675.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AD,AE,A1,a1,aD,aE

MTTTLQQRENLNIWEQFCGWVTSTNNRLYVGWFGIVMIPTLLTATICFVLAFVAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIITAAVVPSSNAIGLHFYPIWEAANIDEWLYNGGPYQLIVFHFLIGIFCYMGREWELSYRLGMRPWIAVAYSAPVAAATAVLLVYSIGQGSFSDGLPLGISGTFNFMLVLQAEHNVLMHPFHMLGVAGVFGGALFSAMHGSLVTSSLVRETTEIESQNRGYRFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRALHFFLGAWPVVGIWFASLAVACFAFNLNGFNFNHSVLDSQGKVLNTWADVINRANLGIEAMHERNVHNFPLDLASTESKPVNLVAPNIG

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	56256.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BD,BE,B1,b1,bD,bE

MGLPWYRVHTVVLNDPGRLISVHLMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLNPMWRQGMFVMPFMARLGVTQSWGGWSLTGEVADNPGIWSFEGVAATHIILSGLLFLAAVWHWVYWDLELFTDPRTGEPALDLPKMFGIHLFLSGLLCFGFGAFHLTGLFGPGMWVSDPYGLTGSIQPVAPSWGPEGFNPFNAGGIAAHHIAAGIVGIIAGLFHLSVRPPQRLYKALRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSAATPIELFGPTRYQWDQGYFQQEIQRRVQSSIAQGDSPSEAWSKIPEKLAFYDYVGNSPAKGGLFRVGPMNKGDGIAQGWLGHPVFTDAEGRELTVRRLPNFFETFPVILTDADGVIRADIPFRRAESRYSFEQTGVTVSLYGGELNGKTFTDPASVKKYARFAQQGEPFAFDRETLGSDGVFRTSTRGWFTFGHACFALLFFFGHIWHGSRTIFRDVFAGVEADLEEQVEWGNFQKVGDQTTRVQKTV

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II CP43 reaction center protein
分子量 formula_weight	51546.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	CD,CE,C1,c1,cD,cE

MYSLRRYYRVVTLSSNSYLGGRDQESTGFAWWSGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFEVSHFVPEKPMYEQGLILLPHLATQGWGVGAGGEVINTFPYFVVGVLHLISSAVLGLGGIYHAVRGPEVLEEYSSFFGYDWKDKNQMTNIIGYHLILLGCGALLLVFKAMFLGGVYDTWAPGGGDVRIINNPTLNPLVIFGYLLKAPFGGEGWMIGVDNMEDIIGGHIWIGLICIAGGVWHILTKPFGWARRAFIWSGEAYLSYSLGALSLMAFIASAFVWFNNTAYPSEFYGPTNAEASQAQSFVFLVRDQKLGANIGSAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFKGPWLEPLRGPNGLDLNKLKNDIQPWQVRRAAEYMTHAPNGSINSVGGIITEAQGFNYVNPRAWLAASHFILAFFFLIGHLWHAGRARAAVAGFEKGIDRETEPVLAMPDLD

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	39521.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	DD,DE,D1,d1,dD,dE

MTIAVERPQVTRGWFDVLDDWLKRDRFVFVGWSGILLFPCAYLSIGGWLTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTPANSLGHSLLFLWGPEAQWDFTRWCQLGGLWAFVALHGAFALIGFCLRQLEIARLVGIRPYNAIAFTGPIAVFVSVFLMYPLGQSGWFFAPSFGVAGIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGILGGALLCAIHGATVENTLFEDGEGSNTFRAFEPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGIAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMCSIGVVGLAVNLRAYDFVSQELRAAEDPEFETFYTKNILLNEGIRAWMAPADQPHQNFVFPEEVLPRGNAL

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	9344.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	ED,EE,E1,e1,eD,eE

MAGTTGERPFGDIITSVRYWVIHSLTIPALFIAGWLFVSTGLAYDAFGTPRPNEYFTQERQELPIITERQDSKTQIQQFIAK

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 11 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	4994.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	FD,FE,F1,f1,fD,fE

MTNANQNQPITYPIFTVRWLAVHTLAVPTVFFLGAIAAMQFIQR

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	7636.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HD,HE,H1,h1,hD,hE

MAQRTWLGDRLRPLNSEYGKVAPGWGTTPLMGVFMGLFFVFLLIILQIYNSSLILENVSVDWANLTR

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	4414.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	ID,IE,I1,i1,iD,iE

MVTLKIIVNIVVLFFVGLFIFGFLSNDPSRNPKRRDLE

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 14 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein J
分子量 formula_weight	3914.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	JD,JE,J1,j1,jD,jE

MSGDAKLPLWLIATVAGTGVLVVVGLFFYGAYVGVGSAL

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 15 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K
分子量 formula_weight	4979.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	KD,KE,K1,k1,kD,kE

MEAALLLAKLPEAYSIFSPVVDILPVIPVFFLLLAFVWQAAVGFR

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 16 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4581.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	LD,LE,L1,l1,lD,lE

MDRSRNPNKQPVELNRTSLYLGLLLIFVLGILFSSYFFN

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 17 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein M
分子量 formula_weight	4128.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	MD,ME,M1,m1,mD,mE

MEVNDLGFVASILFVLVPSVFLLILYIQTQSREGKEG

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 18 polymer

描述 description	Photosystem II extrinsic protein O
分子量 formula_weight	30064.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	OD,OE,O1,o1,oD,oE

MKYRALVATFLAFCLSVLTACSESPSAKDPSLLTYDDIRNTGLAVNCPSLPETARGSIPLDQNASYEITGLCLQPTSYFVKEEPANKRQEAEFVPGRLLTRFTYSLDQVRGLLKFQPDGSLKFTEKDGIDFQPITVLLPGGEQVPFLFTIKGLVATSQPGLTSINTSTDFSGDFNVPSYRGSTFLDPKARGLASGYDNAVALPATADEEDYVNANVKLADTKFKAGHISLQVAKVDGETGEIAGIFESEQPSDNDLGAKEAVEVKIRGAFYARIEPKA

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 19 polymer

描述 description	PsbQ protein
分子量 formula_weight	18641.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	QD,QE,Q1,q1,qD,qE

MRFVQIGADFKKTILVMKRYRSILACVLAFVTAFVVGCSSPVAVEPPSYSSIQLEKIQEYKSNIVAIRDRSTTELVSYIQKGDWINIDNFAHGPFGTVLQEMNYVVRNLLPNEQPEARKLSREVFEHLQDMSEAAAKADRQQAAISYQEALKDLDLFLSKFPQV

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 20 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Y
分子量 formula_weight	4189.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	RD,RE,R1,r1,rD,rE

MDLDLRIVVVLLPLIVAGGWALFKIGSAAISQAQAFMKK

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 21 polymer

描述 description	LPP1
分子量 formula_weight	4017.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	SD,SE,S1

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 22 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3439.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	TD,TE,T1,t1,tD,tE

MESVAYILVLTLALGVLFFAIAFREPPRIGK

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 23 polymer

描述 description	PsbU
分子量 formula_weight	10733.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	UD,UE,U1,u1,uD,uE

ELNKADAKLGTEFGKKLDLNNSSIREFRQYPGMFPTLAKMIIDAAPYDSVQEVLEIPGLTDAQKEIIERYIGEFTITPVEPILQEGDFRLNTGVY

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 24 polymer

描述 description	Photosystem II extrinsic protein V
分子量 formula_weight	18165.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	VD,VE,V1,v1,vD,vE

MLKRYIWLAVATVFFTFQMWVGNANALELTEELRTFPINAQGDTAVLSLKEIKKGQQVFNAACAQCHALGVTKTNPDVNLSPEALALATPPRDNIAALVDYIKNPTTYDGFVEISELHPSLKSSDIFPKMRNISEDDLYNVAGYILLQPKVRGEQWGGGKYLR

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 25 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein X
分子量 formula_weight	5427.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	XD,XE,X1,x1,xD,xE

MHSKDLIKMTPSLMNFFYSLLAGLLIIVVPATVGLIFISQKDKIIRRS

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 26 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Psb30
分子量 formula_weight	4692.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	YD,YE,Y1,y1,yD,yE

MDFITNLFSNVNFELIAQLLMLSLIVIAGPVVIVLLAFRGGDL

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 27 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Z
分子量 formula_weight	6848.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	ZD,ZE,Z1,z1,zD,zE

MLTLLFQVLLAALVIVSFLMIVAVPVAYASPQNWSQSKPLIFIGSGLWAVLVILVGVFNYLVV

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 28 polymer

描述 description	LPP2
分子量 formula_weight	15788.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	EF,BG,EK,BL

MLAIGKLFGRSKKSDYFLEFDEAKGTTAEPSPTVAPKAEAPKAEAPKAEAPKAEAPKAEAPKAEKPEKTKKSVAKKSPEAAKANVAATPAPAAVAKVASSSAPLNGGMSKTPEGMTFATDYLLPKSTANRRRPGPNMNMFRDMARQMSSK

来源 Source

来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 29 polymer

描述 description	Allophycocyanin beta-18 subunit
分子量 formula_weight	18446.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	QG,QL,gF,gK

MRDAVTSLIKNYDITGRYLDRDAIDSLKSYFVTGTARVQAAATITANAAELVKQAASQLFGDLPELIRPGGNAYTTRRYAACLRDMDYYLRYATYALVAGDTDVLDERVLQGLRETYNSLGVPIGPTVVGIGILKDLATEKVQAAGIEVGAYLEQPFDHLISELSETDV

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来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 30 polymer

描述 description	Allophycocyanin-B alpha subunit
分子量 formula_weight	18022.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	VG,VL,mF,mK

MTVVSQVILKADDELRYPTTGELKNISDFLKTGEQRLRIVDTLTENEKKIVDRASAQLWKKRPDFIAPGGNAAGQRERSLCLRDYGWYLRVITYGILSGDKDPIESIGLIGVKEMYNSLGVPMPGMVEAIRCLKEASLALLDDEDAKEAAPYFDFIIQAMS

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来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 31 polymer

描述 description	C-phycocyanin alpha subunit
分子量 formula_weight	17616.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	72

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;b2,d2,f2,h2,j2,l2,b3,d3,f3,h3,j3,l3,b5,d5,f5,h5,j5,l5,b6,d6,f6,h6,j6,l6,b7,d7,f7,h7,j7,l7,b8,d8,f8,h8,j8,l8,b9,d9,f9,h9,j9,l9,bA,dA,fA,hA,jA,lA,bC,dC,fC,hC,jC,lC,bH,dH,fH,hH,jH,lH,bI,dI,fI,hI,jI,lI,bJ,dJ,fJ,hJ,jJ,lJ ;

MKTPLTEAVSIADSQGRFLSSTEIQVAFGRFRQAKAGLEAAKALTSKADSLISGAAQAVYNKFPYTTQMQGPNYAADQRGKDKCARDIGYYLRMVTYCLIAGGTGPMDEYLIAGIDEINRTFELSPSWYIEALKYIKANHGLSGDAAVEANSYLDYAINALS

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来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 32 polymer

描述 description	Phycocyanin beta subunit
分子量 formula_weight	18062.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	72

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;c2,e2,g2,i2,k2,m2,c3,e3,g3,i3,k3,m3,c5,e5,g5,i5,k5,m5,c6,e6,g6,i6,k6,m6,c7,e7,g7,i7,k7,m7,c8,e8,g8,i8,k8,m8,c9,e9,g9,i9,k9,m9,cA,eA,gA,iA,kA,mA,cC,eC,gC,iC,kC,mC,cH,eH,gH,iH,kH,mH,cI,eI,gI,iI,kI,mI,cJ,eJ,gJ,iJ,kJ,mJ ;

MFDAFTKVVSQADTRGEMLSTAQIDALSQMVAESNKRLDSVNRITSNASTIVSNAARSLFAEQPQLIAPGGNAYTSRRMAACLRDMEIILRYVTYAVFAGDASVLEDRCLNGLRETYLALGTPGSSVAVGVGKMKEAALAIVNDPAGITPGDCSALASEIAGYFDRAAAAVS

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来源生物 organism	Arthrospira sp. FACHB-439
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	153964
宿主生物 host_organism	Arthrospira sp. FACHB-439

Entity 33 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	348

Entity 34 non-polymer

描述 description	CA-MN4-O5 CLUSTER
分子量 formula_weight	339.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 35 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 36 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	210

Entity 37 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 38 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	27

Entity 39 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

Entity 40 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	54

Entity 41 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 42 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	27

Entity 43 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	60

Entity 44 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 45 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 46 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 47 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 48 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	168000

fit	/app/data/saxs_computation/wq/8wql/8wql.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wq/8wql/8wql.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wq/8wql/8wql.dat

In situ PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulina platensis

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (48)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 21 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 22 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 23 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 24 polymer

聚合体 Polymer