SAXSdb — 8wsn

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wsn
沉积日期 deposition_date	2023-10-17
结构标题 title	Crystal structure of SFTSV Gn and antibody SF1
关键词 keywords	Virus, Antibody, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.86 Å
零角强度 I(0) i0	411773000.00
分子量 molecular_weight	163540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	203440 Å³
包络体积 envelope_volume	275630 Å³
水化壳体积 shell_volume	56800 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.7 Å
壳层 Rg shell_rg	45.54 Å
包络 Rg envelope_rg	40.48 Å
形状 Rg shape_rg	40.82 Å
总 Rg total_rg	41.22 Å
总原子数 total_atoms	11496
残基数 n_residues	1477
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.2 Å
Rg (实空间) rg_real	41.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	411700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8735
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.420
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.405
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.900

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Gn
分子量 formula_weight	36195.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	11643

DSGPIICAGPIHSNKSADIPHLLGYSEKICQIDRLIHVSSWLRNHSQFQGYVGQRGGRSQVSYYPAENSYSRWSGLLSPCDADWLGMLVVKKAKGSDMIVPGPSYKGKVFFERPTFDGYVGWGCGSGKSRTESGELCSSDSGTSSGLLPSDRVLWIGDVACQPMTPIPEETFLELKSFSQSEFPDICKIDGIVFNQCEGESLPQPFDVAWMDVGHSHKIIMREHKTKWVQESSSKDFVCYKEGTGPCSESEEKTCKTSGSCRGDMQFCKVAGCEHGEEASEAKCRCSLVHKPGEVVVSYGGMRVRPKCYGFSRMMATLEVNHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	SFTS virus JS4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	992216
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Ab1-H
分子量 formula_weight	24761.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

QVQLVQSGAEVKKPGESLTISCETSRYNFTYHWVGWVRQMPGEGLEWMGIIYPGDSDTRYSPSFQGQITISADKSLSTTYLHWRRLKASDTAIYYCARLKPAWGRGYYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Ab1-L
分子量 formula_weight	23552.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

EIVLTQSPATLSVSPGERATLSCRASQSVSSNLAWYQHKPGQAPRLLIYGAFIRATGIPARFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYCQHYNNWPPNPFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	147

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	227.057 Å
晶胞边长 b length_b	97.249 Å
晶胞边长 c length_c	133.092 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	124.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	46.710 Å
R 因子 r_factor	0.2421
R_work r_work	0.2396
R_free r_free	0.2908

fit	/app/data/saxs_computation/ws/8wsn/8wsn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ws/8wsn/8wsn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ws/8wsn/8wsn.dat

Crystal structure of SFTSV Gn and antibody SF1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)