8wt1

Crystal structure of S9 carboxypeptidase from Geobacillus sterothermophilus

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 217.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wt1
沉积日期 deposition_date	2023-10-17
结构标题 title	Crystal structure of S9 carboxypeptidase from Geobacillus sterothermophilus
关键词 keywords	Carboxypeptidase, Prolyl oligopeptidase, Oligomerization, Acylaminoacyl., HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	75.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	75.76 Å
零角强度 I(0) i0	4692780000.00
分子量 molecular_weight	576130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	717330 Å³
包络体积 envelope_volume	1077700 Å³
水化壳体积 shell_volume	122640 Å³
包络直径 envelope_diameter	252.1 Å
壳层 Rg shell_rg	67.94 Å
包络 Rg envelope_rg	73.49 Å
形状 Rg shape_rg	75.76 Å
总 Rg total_rg	75.64 Å
总原子数 total_atoms	40702
残基数 n_residues	5197
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	217.7 Å
Rg (实空间) rg_real	75.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6820e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.5250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	73.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4674000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8345
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	72.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.373
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.716
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0401
最高正则化参数 α highest_alpha	90700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.965; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.949; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	S9 family peptidase
分子量 formula_weight	77207.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	42813

MASWSHPQFEKGSSHHHHHHSSGSGGGGGENLYFQGTDLLRLRSVRDPHYAPDGTRAVFVEKSIDEEKQYRSHLWIWAADGSVRQWTFGRWRDMKPRFSPRGEIIAFLSDRSGRTQLWLLPANGGEARQLTFFKNGVRDYVWSPDGTFLITLTTLGDDETIEDREEPEKVEVKRADLKPRVVERLYYKSDASGFLDGKRAVLTRIDVLSGKSEALTGREEEIGSFAISPNGRTLAFVANRNEDPDTTFTRDIVLLDLESKAETNLTNGCGTFASLAWSPDGTKLAAIGHDLAYLGATLHRLYVFEPERGTKRVLTADWDVHLGDAMVGDTHADAKGPGPIWASDGSGLYVTASERGRVNLYFVSLAGPIVPVIEGNFHLYGLAIHPSEQQAIAAISSPTSVGDLYAVSLADGTKTRLTRANEALENEVVFADAEPFTYRSADGLEIQGWIMKPPELDEGEKAPLVVEIHGGPHAMYGFTFFHELQLLASSGYAVLFTNPRGSHGYGQSFVNAVRGDYGGMDYEDIMAGVDAAISKFDFIDKERLGVTGGSYGGFMTNWIVGHTDRFKAAVTQRSISNWLSFSGVSDIGYFFTKWEVGCDVWEDAERLWHHSPLKYVKHMRTPLLILHSERDYRCPIEQAEQLFVALKQLGRETKLVRFPDANHDLSRTGNPALRLERLRHIVDWFDRYLKG

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus ATCC 12980
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1366047
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	65

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 5 non-polymer

描述 description	ALANINE
分子量 formula_weight	89.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2081

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	194.123 Å
晶胞边长 b length_b	75.443 Å
晶胞边长 c length_c	219.740 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.27 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	48.940 Å
R 因子 r_factor	0.2142
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2559

fit	/app/data/saxs_computation/wt/8wt1/8wt1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wt/8wt1/8wt1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wt/8wt1/8wt1.dat