8wt7

;Cryo-EM structure of the IS621 recombinase in complex with bridge RNA, donor DNA, and target DNA in the pre-strand exchange locked state ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 114.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wt7
沉积日期 deposition_date	2023-10-18
结构标题 title	;Cryo-EM structure of the IS621 recombinase in complex with bridge RNA, donor DNA, and target DNA in the pre-strand exchange locked state ;
关键词 keywords	Holliday junction, RNA dependent recombinase, RECOMBINATION, RECOMBINATION-RNA-DNA complex; RECOMBINATION/RNA/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.66 Å
零角强度 I(0) i0	1089990000.00
分子量 molecular_weight	215390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	246380 Å³
包络体积 envelope_volume	346810 Å³
水化壳体积 shell_volume	72536 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.6 Å
壳层 Rg shell_rg	46.97 Å
包络 Rg envelope_rg	37.02 Å
形状 Rg shape_rg	37.68 Å
总 Rg total_rg	38.02 Å
总原子数 total_atoms	14815
残基数 n_residues	1485
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.6 Å
Rg (实空间) rg_real	37.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0900e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7480e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1090000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8973
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.040
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.517
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	110100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.921

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	IS621 transposase
分子量 formula_weight	36735.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14846

GPMEHELHYIGIDTAKEKLDVDVLRPDGRHRTKKFANTTKGHDELVSWLKGHKIDHAHICIEATGTYMEPVAECLYDAGYIVSVINPALGKAFAQSEGLRNKTDTVDARMLAEFCRQKRPAAWEAPHPLERALRALVVRHQALTDMHTQELNRTETAREVQRPSIDAHLLWLEAELKRLEKQIKDLTDDDPDMKHRRKLLESIPGIGEKTSAVLLAYIGLKDRFAHARQFAAFAGLTPRRYESGSSVRGASRMSKAGHVSLRRALYMPAMVATSKTEWGRAFRDRLAANGKKGKVILGAMMRKLAQVAYGVLKSGVPFDASRHNPVAA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	bridge RNA
分子量 formula_weight	57668.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

GGGAGUGCAGAGAAAAUCGGCCAGUUUUCUCUGCCUGCAGUCCGCAUGCCGUAUCGGGCCUUGGGUUCUAACCUGUUCUGUAGGCUUAUGCAGCGGACUGCCUUUCUCCCAAAGUGAUAAACCGGACAGUAUCAUGGACCGGUUUUCCCGGUAAUCCGUAUUUACAAGAUUGGUUUCACU

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 3 polymer

描述 description	target DNA
分子量 formula_weight	11659.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GCCGGGTAATACCACCAAGCCGCCTACAGATGAGCTCG

Entity 4 polymer

描述 description	target DNA
分子量 formula_weight	11703.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

CGAGCTCATCTGTAGGCCCGATGGTGGTATTACCCGGC

Entity 5 polymer

描述 description	donor DNA
分子量 formula_weight	13507.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

TGCAGGCCATAAGTCAATCTTGTATTATCCCTCCAGTGCAGAGA

Entity 6 polymer

描述 description	donor DNA
分子量 formula_weight	13587.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

TCTCTGCACTGGAGGGATAATACAAGATACTGTTATGGCCTGCA

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	875289

fit	/app/data/saxs_computation/wt/8wt7/8wt7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wt/8wt7/8wt7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wt/8wt7/8wt7.dat

;Cryo-EM structure of the IS621 recombinase in complex with bridge RNA, donor DNA, and target DNA in the pre-strand exchange locked state ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)