8wu8

Crystal structure of the human RAD9-RAD1(F64A/M256A/F266A)-HUS1-RHINO(88-99) complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 101.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wu8
沉积日期 deposition_date	2023-10-20
结构标题 title	Crystal structure of the human RAD9-RAD1(F64A/M256A/F266A)-HUS1-RHINO(88-99) complex
关键词 keywords	dna damage, checkpoint, dna repair, dna binding clamp, cell cycle; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.57 Å
零角强度 I(0) i0	118053000.00
分子量 molecular_weight	88022.0 kDa
排除体积 excluded_volume	110960 Å³
包络体积 envelope_volume	152660 Å³
水化壳体积 shell_volume	38010 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.00 Å
包络 Rg envelope_rg	31.40 Å
形状 Rg shape_rg	32.60 Å
总 Rg total_rg	33.22 Å
总原子数 total_atoms	6171
残基数 n_residues	785
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.3 Å
Rg (实空间) rg_real	33.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	118100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9030
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	49.6 Å
偏度 Skewness skewness	-0.003
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.807
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	62500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.935

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Cell cycle checkpoint control protein RAD9A
分子量 formula_weight	29746.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.11.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6171

MKCLVTGGNVKVLGKAVHSLSRIGDELYLEPLEDGLSLRTVNSSRSAYACFLFAPLFFQQYQAATPGQDLLRCKILMKSFLSVFRSLAMLEKTVEKCCISLNGRSSRLVVQLHCKFGVRKTHNLSFQDCESLQAVFDPASCPHMLRAPARVLGEAVLPFSPALAEVTLGIGRGRRVILRSYHEEEADSTAKAMVTEMCLGEEDFQQLQAQEGVAITFCLKEFRGLLSFAESANLNLSIHFDAPGRPAIFTIKDSLLDGHFVLATLSDTDS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Checkpoint protein HUS1
分子量 formula_weight	32560.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHHHHHHKFRAKIVDGACLNHFTRISNMIAKLAKTCTLRISPDKLNFILCDKLANGGVSMWCELEQENFFNEFQMEGVSAENNEIYLELTSENLSRALKTAQNARALKIKLTNKHFPCLTVSVELLSMSSSSRIVTHDIPIKVIPRKLWKDLQEPVVPDPDVSIYLPVLKTMKSVVEKMKNISNHLVIEANLDGELNLKIETELVCVTTHFKDLGNPPLASESTHEDRNVEHMAEVHIDIRKLLQFLAGQQVNPTKALCNIVNNKMVHFDLLHEDVSLQYFIPALS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Cell cycle checkpoint protein RAD1
分子量 formula_weight	31641.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.11.2
突变 mutation	F64A, M256A, F266A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MPLLTQQIQDEDDQYSLVASLDNVRNLSTILKAIHFREHATCFATKNGIKVTVENAKCVQANAAIQAGIFQEFKVQEESVTFRINLTVLLDCLSIFGSSPMPGTLTALRMCYQGYGYPLMLFLEEGGVVTVCKINTQEPEETLDFDFCSTNVINKIILQSEGLREAFSELDMTSEVLQITMSPDKPYFRLSTFGNAGSSHLDYPKDSDLMEAFHCNQTQVNRYKISLLKPSTKALVLSCKVSIRTDNRGFLSLQYAIRNEDGQICAVEYYCCPDEEVPESES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	RAD9, HUS1, RAD1-interacting nuclear orphan protein 1
分子量 formula_weight	1392.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

TSKFPHLTFESP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.115 Å
晶胞边长 b length_b	69.938 Å
晶胞边长 c length_c	83.948 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.810 Å
最低分辨率 resolution_low	35.771 Å
R 因子 r_factor	0.2202
R_work r_work	0.2148
R_free r_free	0.2669

fit	/app/data/saxs_computation/wu/8wu8/8wu8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wu/8wu8/8wu8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wu/8wu8/8wu8.dat

Crystal structure of the human RAD9-RAD1(F64A/M256A/F266A)-HUS1-RHINO(88-99) complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)