8wuc

Cryo-EM structure of H. thermoluteolus GroEL-GroES2 football complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 213.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wuc
沉积日期 deposition_date	2023-10-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of H. thermoluteolus GroEL-GroES2 football complex
关键词 keywords	Chaperone, Chaperonin, ATPase, protein folding; CHAPERONE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	72.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	72.27 Å
零角强度 I(0) i0	12130800000.00
分子量 molecular_weight	933180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1171200 Å³
包络体积 envelope_volume	2042800 Å³
水化壳体积 shell_volume	230990 Å³
包络直径 envelope_diameter	247.2 Å
壳层 Rg shell_rg	79.49 Å
包络 Rg envelope_rg	68.81 Å
形状 Rg shape_rg	72.30 Å
总 Rg total_rg	72.25 Å
总原子数 total_atoms	65338
残基数 n_residues	8708
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	213.4 Å
Rg (实空间) rg_real	71.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2050e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0850e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	72.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12140000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8292
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	97.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.328
峰度 Kurtosis kurtosis	0.002
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0673
最高正则化参数 α highest_alpha	2765000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.813; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.367

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Chaperonin GroEL
分子量 formula_weight	56081.3 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.1.7
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N
原子数 atom_count	65338

AAKEVKFHDSARERLVAGVNLLANAVKTTLGPKGRNVVIERSFGAPIVTKDGVTVAKEIELKDKFENMGAQMVKEVASKTADVAGDGTTTATVLAQAIVREGMKYVAAGMNPMDLKRGIDKAVTAIVEELKAISKPCSTTKEIAQVGTISANADSSIGEIIAQAMDKVGKEGVITVEDGKSLENELEVVEGMQFDRGYLSPYFINNPDKQVAVLDNPYILLHDKKISNIRDLLPVLEQVAKAGRPLLIIAEDVEGEALATLVVNNLRGILKTCAVKAPGFGDRRKAMLQDIAILTGGTVISEEVGLSLEKATLEDLGQAKRVEVAKEHTTIIDGAGDPAKIQARVKEIRVQIEEATSDYDREKLQERVAKLAGGVAVIKVGAATEVEMKEKKARVEDALHATRAAVEEGIVPGGGVALLRAREAAVAKGLKGDNPDQEAGIKIVLRAVEQPLREIVANAGEEPSVIVAKVLEGKGNYGYNAATGEFGDMIEMGVLDPTKVTRSALQNAASVAGLMLTTECMIAEAPKD

Entity 2 polymer

描述 description	Co-chaperonin GroES
分子量 formula_weight	10224.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n

KLRPLHDRVVVKRIEAERKTASGIVIPDTAGEKPDQGEVLAVGDGKILDDGSKRPMAVKVGDKVLFGKYAGQTVKVEGEELLVLREDDIMAVIE

来源 Source

来源生物 organism	Hydrogenophilus thermoluteolus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	297
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	103957

fit	/app/data/saxs_computation/wu/8wuc/8wuc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wu/8wuc/8wuc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wu/8wuc/8wuc.dat

Cryo-EM structure of H. thermoluteolus GroEL-GroES2 football complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)