8wul

Crystal structure of affinity enhanced TCR in complex with HLA-A*11:01 bound to KRAS-G12V peptide (VVGAVGVGK)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 180.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wul
沉积日期 deposition_date	2023-10-20
结构标题 title	Crystal structure of affinity enhanced TCR in complex with HLA-A*11:01 bound to KRAS-G12V peptide (VVGAVGVGK)
关键词 keywords	T cell receptor, KRAS-G12V, HLA-A*11:01, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.11 Å
零角强度 I(0) i0	2025670000.00
分子量 molecular_weight	363490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	449460 Å³
包络体积 envelope_volume	674070 Å³
水化壳体积 shell_volume	107750 Å³
包络直径 envelope_diameter	196.9 Å
壳层 Rg shell_rg	56.08 Å
包络 Rg envelope_rg	50.89 Å
形状 Rg shape_rg	52.14 Å
总 Rg total_rg	52.16 Å
总原子数 total_atoms	25613
残基数 n_residues	3184
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	180.5 Å
Rg (实空间) rg_real	52.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0260e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0480e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2026000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8355
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	66.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.417
峰度 Kurtosis kurtosis	0.069
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	140000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.701; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.785

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	TCR alpha chain
分子量 formula_weight	22105.7 kDa
突变 mutation	T159C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,E,G
原子数 atom_count	26016

QQKVQQSPESLIVPEGGMASLNCTSSDRNVDYFWWYRQHSGKSPKMLMSIFSNGEKEEGRFTVHLNKASLHTSLHIRDSQPSDSALYLCAARSSGSWQLIFGSGTQLTVMPDIQNPEPAVYQLKDPRSQDSTLCLFTDFDSQINVPKTMESGTFITDKCVLDMKAMDSKSNGAIAWSNQTSFTCQDIFKETNATYPSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	TCR beta chain
分子量 formula_weight	27321.8 kDa
突变 mutation	K51M, E100H, S170C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,B,F,H

KIIQKPKYLVAVTGSEKILICEQYLGHNAMYWYRQSAKKPLEFMFSYSYQMLMDNQTASSRFQPQSSKKNHLDLQITALKPDDSATYFCASSQDRGDSAHTLYFGSGTRLTVLEDLRNVTPPKVSLFEPSKAEIANKQKATLVCLARGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQAYKESNYSYCLSSRLRVSATFWHNPRNHFRCQVQFHGLSEEDKWPEGSPKPVTQNISAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	MHC class I antigen
分子量 formula_weight	31725.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,I,O,R

GSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNVKAQSQTDRVDLGTLRGYYNQSEDGSHTIQIMYGCDVGPDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAAHAAEQQRAYLEGRCVEWLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11748.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,J,P,S

IQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	KRAS-G12V nonamer peptide
分子量 formula_weight	786.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,K,Q,T

VVGAVGVGK

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	403

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	87.752 Å
晶胞边长 b length_b	96.331 Å
晶胞边长 c length_c	123.121 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	94.56 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	93.20 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.360 Å
最低分辨率 resolution_low	29.670 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1904
R_free r_free	0.2348

fit	/app/data/saxs_computation/wu/8wul/8wul.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wu/8wul/8wul.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wu/8wul/8wul.dat

Crystal structure of affinity enhanced TCR in complex with HLA-A*11:01 bound to KRAS-G12V peptide (VVGAVGVGK)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)