SAXSdb — 8ww6

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ww6
沉积日期 deposition_date	2023-10-25
结构标题 title	Structure of ATP-rs-Form AsfvPrimPol Hexamer
关键词 keywords	VIRAL PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.29 Å
零角强度 I(0) i0	3059680000.00
分子量 molecular_weight	465740.0 kDa
排除体积 excluded_volume	582640 Å³
包络体积 envelope_volume	830180 Å³
水化壳体积 shell_volume	130710 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.0 Å
壳层 Rg shell_rg	60.32 Å
包络 Rg envelope_rg	48.04 Å
形状 Rg shape_rg	49.34 Å
总 Rg total_rg	49.46 Å
总原子数 total_atoms	32825
残基数 n_residues	3900
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.5 Å
Rg (实空间) rg_real	49.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0600e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3000e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3062000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8836
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.050
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.520
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1242000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.933

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA (25-MER)
分子量 formula_weight	7559.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	32825

TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	1207.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

AAAA

Entity 3 polymer

描述 description	Putative primase C962R
分子量 formula_weight	112721.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,C,D,E,F

MREESWEDHDTIQLTAQRKYLAEVQALETLLTRELSVFLTEPGSKKTNIINRITGKTYALPSTELLRLYEHLEQCRKQGALMYFLERQGTYSGLMLDYDLKLNTNAVPPLEPPALSRLCHRIFVHIKNSSVLPEGSHKIHFFFTLKPEVVQGKYGFHVLIPGLKLAASTKKSIIGSLQHDATVQKILHEQGVTNPESCLDPHSASVPSLLYGSSKLNHKPYQLKTGFELVFDSSDPDYIPIHQIKNLESYNLVSELSLTNEQGSLVRPVYCAADIAAEKEEEIPTEDHSLSILMLHDPEARYLHKILNLLPPEYYVEYPLWSNVVFALANTSANYRPLAEWFSQKCPEKWNTGGKEKLEKLWNDASHHTEKKITKRSIMYWAHKHAPQQYKEIVEQGYFSILAEYVYSYNGMLEHYMIAKVIYAMMGNKFVVDVDSNGKYVWFEFVLPGQPMNQGEIWKWRKEVNPDELHIYISENFSRVMDRITEHIKYHLSQPHESNILNYYKKLLKAFERSKSKIFNDSFKKGVIRQAEFLFRQRSFIQTLDTNPHLLGVGNGVLSIETIPAKLINHFHEHPIHQYTHICYVPFNPENPWTKLLLNALQDIIPELDARLWIMFYLSTAIFRGLKEALMLLWLGGGCNGKTFLMRLVAMVLGDHYASKLNISLLTSCRETAEKPNSAFMRLKGRGYGYFEETNKSEVLNTSRLKEMVNPGDVTARELNQKQESFQMTATMVAASNYNFIIDTTDHGTWRRLRHYRSKVKFCHNPDPSNPYEKKEDPRFIHEYIMDPDCQNAFFSILVYFWEKLQKEYNGQIKKVFCPTIESETEAYRKSQDTLHRFITERVVESPSAETVYNLSEVVTAYAEWYNTNINVKRHIALELSQELENSVLEKYLQWSPNKTRILKGCRILHKFETLQPGESYIGVSTAGTLLNTPICEPKNKWWEWSPNPSAPPEKEASAPTPLEDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	African swine fever virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10497
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.73 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	38908

fit	/app/data/saxs_computation/ww/8ww6/8ww6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ww/8ww6/8ww6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ww/8ww6/8ww6.dat

Structure of ATP-rs-Form AsfvPrimPol Hexamer

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)