8wx7

Crystal structure of SHP2 in complex with JAB-3186

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 124.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wx7
沉积日期 deposition_date	2023-10-27
结构标题 title	Crystal structure of SHP2 in complex with JAB-3186
关键词 keywords	phosphatase cancer, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.81 Å
零角强度 I(0) i0	216187000.00
分子量 molecular_weight	114240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140960 Å³
包络体积 envelope_volume	184970 Å³
水化壳体积 shell_volume	43038 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.1 Å
壳层 Rg shell_rg	41.23 Å
包络 Rg envelope_rg	37.04 Å
形状 Rg shape_rg	36.79 Å
总 Rg total_rg	37.15 Å
总原子数 total_atoms	8016
残基数 n_residues	997
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.8 Å
Rg (实空间) rg_real	37.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	216200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8438
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.486
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.278
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.856; Smooth: 0.558

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
分子量 formula_weight	60305.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8345

GMTSRRWFHPNITGVEAENLLLTRGVDGSFLARPSKSNPGDFTLSVRRNGAVTHIKIQNTGDYYDLYGGEKFATLAELVQYYMEHHGQLKEKNGDVIELKYPLNCADPTSERWFHGHLSGKEAEKLLTEKGKHGSFLVRESQSHPGDFVLSVRTGDDKGESNDGKSKVTHVMIRCQELKYDVGGGERFDSLTDLVEHYKKNPMVETLGTVLQLKQPLNTTRINAAEIESRVRELSKLAETTDKVKQGFWEEFETLQQQECKLLYSRKEGQRQENKNKNRYKNILPFDHTRVVLHDGDPNEPVSDYINANIIMPEFETKCNNSKPKKSYIATQGCLQNTVNDFWRMVFQENSRVIVMTTKEVERGKSKCVKYWPDEYALKEYGVMRVRNVKESAAHDYTLRELKLSKVGQGNTERTVWQYHFRTWPDHGVPSDPGGVLDFLEEVHHKQESIMDAGPVVVHCSAGIGRTGTFIVIDILIDIIREKGVDCDIDVPKTIQMVRSQRSGMVQTEAQYRFIYMAVQHYIETL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(5~{S})-1'-[6-azanyl-5-(2-azanyl-3-chloranyl-pyridin-4-yl)sulfanyl-pyrazin-2-yl]spiro[5,7-dihydrocyclopenta[b]pyridine-6,4'-piperidine]-5-amine ;
分子量 formula_weight	455.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	314

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	45.711 Å
晶胞边长 b length_b	211.121 Å
晶胞边长 c length_c	55.839 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.020 Å
最低分辨率 resolution_low	49.210 Å
R 因子 r_factor	0.1973
R_work r_work	0.1946
R_free r_free	0.2460

fit	/app/data/saxs_computation/wx/8wx7/8wx7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wx/8wx7/8wx7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wx/8wx7/8wx7.dat