8wyv

;X-Ray crystal structure of glycoside hydrolase family 6 cellobiohydrolase from Phanerochaete chrysosporium PcCel6A D170N/S176V/C240S/C393S ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wyv
沉积日期 deposition_date	2023-10-31
最后修订 last_revision	2024-11-20
结构标题 title	;X-Ray crystal structure of glycoside hydrolase family 6 cellobiohydrolase from Phanerochaete chrysosporium PcCel6A D170N/S176V/C240S/C393S ;
关键词 keywords	Glycoside hydrolase family 6, cellobiohydrolase, cellulase, catalytic domain, mutant, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.99 Å
零角强度 I(0) i0	25091100.00
分子量 molecular_weight	38334.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47864 Å³
包络体积 envelope_volume	53218 Å³
水化壳体积 shell_volume	22690 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.2 Å
壳层 Rg shell_rg	26.08 Å
包络 Rg envelope_rg	19.15 Å
形状 Rg shape_rg	18.96 Å
总 Rg total_rg	19.96 Å
总原子数 total_atoms	2711
残基数 n_residues	358
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.1 Å
Rg (实空间) rg_real	20.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	25090000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9026
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.032
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.493
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5868000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.981

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.329 Å
晶胞边长 b length_b	67.466 Å
晶胞边长 c length_c	88.266 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.140 Å
最低分辨率 resolution_low	46.270 Å
R 因子 r_factor	0.1668
R_work r_work	0.1666
R_free r_free	0.1797

描述 description	Glucanase
分子量 formula_weight	38360.5 kDa
突变 mutation	D170N,S176V,C240S,C393S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4075

;X-Ray crystal structure of glycoside hydrolase family 6 cellobiohydrolase from Phanerochaete chrysosporium PcCel6A D170N/S176V/C240S/C393S ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Phanerodontia chrysosporium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2822231
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	461

fit	/app/data/saxs_computation/wy/8wyv/8wyv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wy/8wyv/8wyv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wy/8wyv/8wyv.dat