8wz9

The crystal structure of Legionella pneumophila adenosylhomocysteinase Lpg2021 in ternary complex with NAD and adenine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 77.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wz9
沉积日期 deposition_date	2023-11-01
结构标题 title	The crystal structure of Legionella pneumophila adenosylhomocysteinase Lpg2021 in ternary complex with NAD and adenine
关键词 keywords	Legionella pneumophila, SAH hydrolase, ADE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.95 Å
零角强度 I(0) i0	39799000.00
分子量 molecular_weight	48008.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59804 Å³
包络体积 envelope_volume	70037 Å³
水化壳体积 shell_volume	26133 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.1 Å
壳层 Rg shell_rg	29.25 Å
包络 Rg envelope_rg	22.39 Å
形状 Rg shape_rg	21.96 Å
总 Rg total_rg	22.76 Å
总原子数 total_atoms	3370
残基数 n_residues	427
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.5 Å
Rg (实空间) rg_real	22.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6969
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.301
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.293
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9013000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.784; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.976

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Adenosylhomocysteinase
分子量 formula_weight	48372.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3878

MGHHHHHHHHQDYKVAEISLADWGRKEIAIAETEMPGLMALREEFSAKKPLQGARIAGCLHMTIQTAVLIETLVALGAEVRWSSCNIFSTQDHAASAIAAKGIPVFAWKGETEEEYWWCVEQTLSGPNGWTPNLLLDDGGDLTQVVHQKHPKLLTAIKGVSEETTTGVARLYEMAKHGQLKIPAINVNNAVTKSKFDNLYGCRESLLDGLKRATDVMIAGKVALILGYGDVGKGCAQALRGQGATVLVAEIDPICALQAAMEGYRVVTLDDVAEQVDIVVTATGNYHVVTHDHMKRMRNQAILCNIGHFDSEIDIQSLKQYQWENIKPQVDHVIFPDGKRIIILAEGRLVNLGCATGHPSFVMSASFTNQVLAQIELFQNSSQYQNQVYVLPKVLDEKVARLHLGRIGAKLTQLSNEQADYIGVDKNGPYKPDHYRY

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	446
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENINE
分子量 formula_weight	135.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	508

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	130.820 Å
晶胞边长 b length_b	130.820 Å
晶胞边长 c length_c	117.118 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.649 Å
最低分辨率 resolution_low	25.511 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1760
R_free r_free	0.1816

fit	/app/data/saxs_computation/wz/8wz9/8wz9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wz/8wz9/8wz9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wz/8wz9/8wz9.dat

The crystal structure of Legionella pneumophila adenosylhomocysteinase Lpg2021 in ternary complex with NAD and adenine

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction