SAXSdb — 8x2u

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8x2u
沉积日期 deposition_date	2023-11-10
最后修订 last_revision	2024-02-07
结构标题 title	Radial spoke head-neck dimer
关键词 keywords	radial spoke, cilia, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	66.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	65.89 Å
零角强度 I(0) i0	3146690000.00
分子量 molecular_weight	480040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	602110 Å³
包络体积 envelope_volume	954760 Å³
水化壳体积 shell_volume	118470 Å³
包络直径 envelope_diameter	259.7 Å
壳层 Rg shell_rg	68.61 Å
包络 Rg envelope_rg	64.95 Å
形状 Rg shape_rg	65.91 Å
总 Rg total_rg	65.85 Å
总原子数 total_atoms	33922
残基数 n_residues	4206
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	226.0 Å
Rg (实空间) rg_real	66.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1460e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4290e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	66.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3147000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8692
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	98.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.197
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.409
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0044
最高正则化参数 α highest_alpha	186400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.749

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	DPY30 domain containing 2
分子量 formula_weight	18235.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	33922

MYPYDVPDYAENLYFQGAAAMDTAYLKNCFGTGLTQALAEVARVRPSDPIEYLAHWLYHYRSITVAEEKRRQEELQLKEARDRSAEEAKTTEMLKEEGYQIQQKCEKCHQELPSTSFSSDKTPALQEDTAPLEEKTMRQESQPGASRVISEMPQRAIPS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	DnaJ homolog subfamily B member 13
分子量 formula_weight	40119.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,K

MDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKENLYFQGAAAMGLDYYAVLQVTRNSEDAQIKKAYRKLALKNHPLKSSEPGAPEIFKQIAEAYDVLSDPVKRGIYDKFGEEGLKGGIPLEFGSQTPWTTGYVFHGNPDKVFHEFFGGDNPFSEFFDAEGNDIDLNFGGLWGRGVQKQDPPIERDLYLSLEDLFFGCTKKIKISRRVLNEDRYSSTIKDKILTIDVRPGWRQGTRITFEKEGDQGPNIIPADIIFIVKEKLHPRFRREHDNLFFVYPIPLGKALTCCTVEVKTLDDRLLNIPINDIVHPKYFKIVPGEGMPLPENPSKKGDLFIFFDIQFPTRLTPQKKQMLRQALLT

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Radial spoke head protein 3 homolog B
分子量 formula_weight	45234.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,L

MTDRNPRTAEASGLYTYSSRPRAVACQRRRHRDSILQPVEEPMSYGNIMYDRRVIRGNTYALPTGQVPGQPDPLELQRQQQARRRALARKRAQEQLKPRTPEPVEGRKHVDIQTELYLEEIADRIVEVDMECQTDAFLDRPPTPLFIPAKTGKDVATQILGGELFDFDLEVKPMLEVLVGKTIEQSLLEVMEEEELANLRARQYAYEEIRNVELAEVQRLEEQERRHREEKERRKKQQWEIVHKRNETLQKISALIFARQYLANLLPSVFDKLRNSGFFYDPIERDIEVGFLPWLMNEVEKSMEHSMVGRTVLDMLIRDVVERRINDYEHKEAMPPGQKTNVINGPNTVTDPSVTTLHTQKPVLDRVSSQPAPSQERKPVEEGGHLMAE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Nucleoside diphosphate kinase homolog 5
分子量 formula_weight	25547.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,M

MEQKLISEEDLGSGMEVSMPLPQIYVEKTLALIKPDVVDKEEEIQDIILGSGFTIIQRRKLHLSPEHCSNFYVEQYGKMFFPNLTAYMSSGPLVAMILARHKAISYWKELMGPSNSLVAKETHPDSLRAIYGTDELRNALHGSNDFAASEREIRFMFPAVIIEPIPIGQAAKDYINLYVAPTLLQGLTELCKEKPPDPYLWLADWLMKNNPNKPKLCHFPVTEEP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	Radial spoke head 1 homolog
分子量 formula_weight	35592.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,I,N,Q

MWSHPQFEKGSGMSDLGSEELEEEGENDLGEYEGERNEVGERHGHGKARLPNGDTYEGSYEFGKRHGQGTYKFKNGARYTGDYVKNKKHGQGTFIYPDGSRYEGEWADDQRHGQGVYYYVNNDTYTGEWFNHQRHGQGTYLYAETGSKYVGTWVHGQQEGAAELIHLNHRYQGKFMNKNPVGPGKYVFDIGCEQHGEYRLTDTERGEEEEEEETLVNIVPKWKALNITELALWTPTLSEEQPPPEGQGQEEPQGLTGVGDPSEDIQAEGFEGELEPRGADEDVDTFRQESQENSYDIDQGNLNFDEEPSDLQD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	Radial spoke head protein 4 homolog A
分子量 formula_weight	80214.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,J,O,R

MENSTSLKQEKENQEPGEAERLWQGESDVSPQEPGPPSPEYREEEQRTDTEPAPRMSPSWSHQSRVSLSTGDLTAGPEVSSSPPPPPLQFHSTPLNTETTQDPVAASPTEKTANGIADTGTPYSDPWESSSAAKQSTSHYTSHAEESTFPQSQTPQPDLCGLRDASRNKSKHKGLRFDLLQEEGSDSNCDPDQPEVGASEAAQSMLEVAIQNAKAYLLSTSSKSGLNLYDHLSKVLTKILDERPADAVDIIENISQDVKMAHFNKKLDTLHNEYEMLPAYEIAETQKALFLQGHLEGADSELEEEMAESSLPNVMESAYYFEQAGVGLGTDETYRVFLALKQLTDTHPIQRCRFWGKILGLEMNYIVAEVEFRDGEDEEEVEEEGIAEERDNGGSEAGEEEEEELPKSLYKAPQVIPKEESRTGANKYVYFVCNVPGRPWVRLPSVTPAQIVTARKIKKFFTGRLDAAVISYPPFPGNESNYLRAQIARISAGTHVSPLGFYQFGEEEGEEEEVEGGRDSYEENPDFEGIQVIDLVESLSNWVHHVQYILPQGRCNWFNPIQKDEDEEEEEEEDEEKGEEPDYIEQEVGPPLLTPISEDLGIQNIPSWTTQLSSNLIPQYAIAVLRSNLWPGAYAFSNGKKFENFYIGWGHKYCVENYTPPSPPPVYQEYPSGPEITEMNDPSVEEEQAFRMTQEPVALSTEENEGTEDEDEDDED

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 polymer

描述 description	Radial spoke head protein 9 homolog
分子量 formula_weight	31365.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,c,P,d

MDADSLLLSLELASGSGQGLSPDRRASLLTSLMLVKRDYRFARVLFWGRILGLVADYYIAQGLSEDQLAPRKTLYSLNCTEWSLLPPATEEMAMQISVVSGRFMGDPSHEYEHTELQKVNEGEKVFDEEVVVQIKEETRLVSIIDQIDKAVAIIPRGALFKTPFGVTHVNRTFEGLPLSEVRKLSSYFHFREAIDLKNKTLLEKSDLEPSLDFLDSLEYDIPRGSWSIQMERGNALVVLRSLLWPGLTFYHAPRTKNYGYIYVGTGEKNMDLPFML

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.57 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	338084

fit	/app/data/saxs_computation/x2/8x2u/8x2u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x2/8x2u/8x2u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x2/8x2u/8x2u.dat

Radial spoke head-neck dimer

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)