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Crystal structure of the glycosyltransferase domain of Legionella SetA in complex with UPDGlc

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 78.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8x4k
沉积日期 deposition_date	2023-11-15
结构标题 title	Crystal structure of the glycosyltransferase domain of Legionella SetA in complex with UPDGlc
关键词 keywords	Glycosyltransferase activity Catalytic activity, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.58 Å
零角强度 I(0) i0	45689000.00
分子量 molecular_weight	52379.0 kDa
排除体积 excluded_volume	65583 Å³
包络体积 envelope_volume	79892 Å³
水化壳体积 shell_volume	27171 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.5 Å
壳层 Rg shell_rg	31.94 Å
包络 Rg envelope_rg	24.81 Å
形状 Rg shape_rg	24.60 Å
总 Rg total_rg	25.38 Å
总原子数 total_atoms	3686
残基数 n_residues	452
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.0 Å
Rg (实空间) rg_real	25.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	45690000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9134
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.233
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.581
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8749000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.982

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Subversion of eukaryotic traffic protein A
分子量 formula_weight	52589.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3882

MAQIDKKIHFIWVGHIMPQKNIQVVSEWAEKNPGYETIIWVDKKIAPAKELDLFILDMKSKGITVKDINEEGVCRDSIRHELDQESPNYGMVSDMLRLNILAAEGGIYLDSDILCSAPFPDEIYAPFGFLLSPWSQGANNTLCNDIILCSKGNQIIQQLADAIEQSYIARDSFEFTHEYASMKETKGERIAKTLGVTGPGFLFHQLKKMGILNDKSEMEAIHWELQDQRYLIDGSVKEPDYFYVPQNNTNDASWVPSIKRPGIENMSFQERLENAVQLIAFDIQKTGLFNLDHYANELKVKQNSWCIAAETSPELKPDSYLLIRPRDKTGEWTLYYVDEDKKLNPVTLPVIKGAIKLSEVSDPLRKFHTLLSQVSDPVNPTAHELKQIGRALIELKPRQDEWHCKNKWSGAEEIAQELWQRITSNETLRAQIKQCFTQFESLKPRVAELGLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	446
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	196

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.140 Å
晶胞边长 b length_b	63.257 Å
晶胞边长 c length_c	184.962 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	44.190 Å
R 因子 r_factor	0.1767
R_work r_work	0.1748
R_free r_free	0.2106

fit	/app/data/saxs_computation/x4/8x4k/8x4k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x4/8x4k/8x4k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x4/8x4k/8x4k.dat