8x8f

Crystal structure of lipoxygenase from Enhygromyxa salina

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 241.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8x8f
沉积日期 deposition_date	2023-11-27
结构标题 title	Crystal structure of lipoxygenase from Enhygromyxa salina
关键词 keywords	9-lipoxygenase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	72.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	72.34 Å
零角强度 I(0) i0	8691460000.00
分子量 molecular_weight	792830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	990700 Å³
包络体积 envelope_volume	1527500 Å³
水化壳体积 shell_volume	176810 Å³
包络直径 envelope_diameter	250.0 Å
壳层 Rg shell_rg	73.68 Å
包络 Rg envelope_rg	68.87 Å
形状 Rg shape_rg	72.33 Å
总 Rg total_rg	72.38 Å
总原子数 total_atoms	55730
残基数 n_residues	7239
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	241.2 Å
Rg (实空间) rg_real	72.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6910e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0600e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	73.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8709000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8629
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	87.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.112
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.409
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	240000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.791

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Arachidonate 15-lipoxygenase
分子量 formula_weight	70587.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	56680

MSNIPTLPQNDPRPEQRAQQLDKARETYKYADLLPPLAFCEGVPKPDTPSAAWLVTVGKVAAAVALNAVANRRAWKRGDHDEEDASFDVGGTSEEDQNEAGHNSFLARLENFDEEAVSFAPGDEPSVLDEVNERVAAILGAKPNRHVPPAQADDDDNGDDGDGDESFGVLDGNVSKDGPNGRPQSMDDYANLFRRITLPPIASTWKNDSAFAAYRVAGPNASMIQRITELPDNFAVTDAHYKQAMGEGDSLDAAKAEGRLFLADWKLIGETLVNNTYKGAQKTVYAPLALFAVPPGGGSLAPVAIQPGQTPSPTNKIYATQDGNDWLAAKSAVQVAEGNYHELVSHLGLTHLLLEPIVMATYRQLAQHHPIYMLLIPHFEGTLSINNSAATNLIAPGGAVDLIFAGTIESEHQLALAALKRHDFMRSGLPDTIEQRGVGDTSVLTDYPYRDDGLKIWANIERWVTAYVNNYYISEANVTQDTELQAWAAVLSKPFAEGGVSGFGPIDTRAALIFACTKVIFTASAEHSAVNFPQKDLMSYAPAITGAGWTAAPPSQGPLKDFQPPLELAELQAEFLYLLGGVHHTKLGFYNSNSFPYRAWFKDPKITAELLPAFQRDLAASEELIVAANATRTFKYTYMIPSTIPMSINI

来源 Source

来源生物 organism	Enhygromyxa salina
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	215803
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	950

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	164.726 Å
晶胞边长 b length_b	248.590 Å
晶胞边长 c length_c	164.089 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.796 Å
最低分辨率 resolution_low	49.611 Å
R 因子 r_factor	0.2279
R_work r_work	0.2268
R_free r_free	0.2538

fit	/app/data/saxs_computation/x8/8x8f/8x8f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x8/8x8f/8x8f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x8/8x8f/8x8f.dat

Crystal structure of lipoxygenase from Enhygromyxa salina

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction