SAXSdb — 8xax

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xax
沉积日期 deposition_date	2023-12-05
结构标题 title	Cryo-EM structure of an anti-phage defense complex bound to AMPPNP and DNA at state 2
关键词 keywords	HerA, Helicase DUF4297, endonuclease, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.71 Å
零角强度 I(0) i0	6561880000.00
分子量 molecular_weight	693190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	870300 Å³
包络体积 envelope_volume	1289000 Å³
水化壳体积 shell_volume	170590 Å³
包络直径 envelope_diameter	193.5 Å
壳层 Rg shell_rg	68.56 Å
包络 Rg envelope_rg	57.94 Å
形状 Rg shape_rg	59.74 Å
总 Rg total_rg	59.76 Å
总原子数 total_atoms	48954
残基数 n_residues	5913
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	198.4 Å
Rg (实空间) rg_real	60.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5620e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4130e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6568000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8677
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	76.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.177
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.436
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	559600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.811

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP-binding protein
分子量 formula_weight	64870.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	48954

MSRNNDINAEVVSVSPNKLKISVDDLEEFKIAEEKLGVGSYLRVSDNQDVALLAIIDNFSIEVKESQKQKYMIEASPIGLVKNGKFYRGGDSLALPPKKVEPAKLDEIISIYSDSIDINDRFTFSSLSLNTKVSVPVNGNRFFNKHIAIVGSTGSGKSHTVAKILQKAVDEKQEGYKGLNNSHIIIFDIHSEYENAFPNSNVLNVDTLTLPYWLLNGDELEELFLDTEANDHNQRNVFRQAITLNKKIHFQGDPATKEIISFHSPYYFDINEVINYINNRNNERKNKDNEHIWSDEEGNFKFDNENAHRLFKENVTPDGSSAGALNGKLLNFVDRLQSKIFDKRLDFILGEGSKSVTFKETLETLISYGKDKSNITILDVSGVPFEVLSICVSLISRLIFEFGYHSKKIKRKSNENQDIPILIVYEEAHKYAPKSDLSKYRTSKEAIERIAKEGRKYGVTLLLASQRPSEISETIFSQCNTFISMRLTNPDDQNYVKRLLPDTVGDITNLLPSLKEGEALIMGDSISIPSIVKIEKCTIPPSSIDIKYLDEWRKEWVDSEFDKIIEQWSKS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DUF4297
分子量 formula_weight	46971.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R

MDRSAVDTIRGYCYQVDKTIIEIFSLPQMDDSIDIECIEDVDVYNDGHLTAIQCKYYESTDYNHSVISKPIRLMLSHFKDNKEKGANYYLYGHYKSGQEKLTLPLKVDFFKSNFLTYTEKKIKHEYHIENGLTEEDLQAFLDRLVININAKSFDDQKKETIQIIKNHFQCEDYEAEHYLYSNAFRKTYDISCNKKDRRIKKSDFVESINKSKVLFNIWFYQYEGRKEYLRKLKESFIRRSVNTSPYARFFILEFQDKTDIKTVKDCIYKIQSNWSNLSKRTDRPYSPFLLFHGTSDANLYELKNQLFNEDLIFTDGYPFKGSVFTPKMLIEGFSNKEIHFQFINDIDDFNETLNSINIRKEVYQFYTENCLDIPSQLPQVNIQVKDFADIKEIV

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	S20DNA1
分子量 formula_weight	18035.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	S

GATCCATGCGCGTTGACAGTCACCTCTTACATTCCTCAACTGGACTGACGGATCCGCCG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	S20DNA2
分子量 formula_weight	18333.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

CGGCGGATCCGTCAGTCCAGTTGAGGAATGTAAGAGGTGACTGTCAACGCGCATGGATC

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.92 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	157139

fit	/app/data/saxs_computation/xa/8xax/8xax.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xa/8xax/8xax.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xa/8xax/8xax.dat

Cryo-EM structure of an anti-phage defense complex bound to AMPPNP and DNA at state 2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)