8xbx

The cryo-EM structure of the RAD51 L2 loop bound to the linker DNA with the blunt end of the nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 112.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xbx
沉积日期 deposition_date	2023-12-07
结构标题 title	The cryo-EM structure of the RAD51 L2 loop bound to the linker DNA with the blunt end of the nucleosome
关键词 keywords	Nucleosome, Recombinase, DNA BINDING PROTEIN-DNA Complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.56 Å
零角强度 I(0) i0	139232000.00
分子量 molecular_weight	84487.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101700 Å³
包络体积 envelope_volume	145360 Å³
水化壳体积 shell_volume	37371 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.0 Å
壳层 Rg shell_rg	38.78 Å
包络 Rg envelope_rg	33.87 Å
形状 Rg shape_rg	34.50 Å
总 Rg total_rg	35.03 Å
总原子数 total_atoms	5873
残基数 n_residues	701
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.6 Å
Rg (实空间) rg_real	35.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	139200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9068
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.174
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.679
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8441000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.974; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.883

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPAPCPGPAPAPAPAPCPGPGPCPCPAPCPCPAPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	48595.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I
原子数 atom_count	5873

ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACACCCAAGACACCAGGCACGAGACAGAAAAAAACAACGAAAACGGCCACCACG

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPGPTPGPGPTPGPGPCPCPGPTPTPTPTPCPGPTP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	48952.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

CGTGGTGGCCGTTTTCGTTGTTTTTTTCTGTCTCGTGCCTGGTGTCTTGGGTGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGAT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD51 homolog 1
分子量 formula_weight	37291.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M

GSHMAMQMQLEANADTSVEEESFGPQPISRLEQCGINANDVKKLEEAGFHTVEAVAYAPKKELINIKGISEAKADKILAEAAKLVPMGFTTATEFHQRRSEIIQITTGSKELDKLLQGGIETGSITEMFGEFRTGKTQICHTLAVTCQLPIDRGGGEGKAMYIDTEGTFRPERLLAVAERYGLSGSDVLDNVAYARAFNTDHQTQLLYQASAMMVESRYALLIVDSATALYRTDYSGRGELSARQMHLARFLRMLLRLADEFGVAVVITNQVVAQVDGAAMFAADPKKPIGGNIIAHASTTRLYLRKGRGETRICKIYDSPCLPEAEAMFAINADGVGDAKD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	4.36 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	42054

fit	/app/data/saxs_computation/xb/8xbx/8xbx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xb/8xbx/8xbx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xb/8xbx/8xbx.dat

The cryo-EM structure of the RAD51 L2 loop bound to the linker DNA with the blunt end of the nucleosome

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)