8xc3

Crystal structure of ZmHSL1A-MBQ complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xc3
沉积日期 deposition_date	2023-12-07
最后修订 last_revision	2024-10-02
结构标题 title	Crystal structure of ZmHSL1A-MBQ complex
关键词 keywords	Substrate, Complex, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.05 Å
零角强度 I(0) i0	97988000.00
分子量 molecular_weight	78993.0 kDa
排除体积 excluded_volume	99182 Å³
包络体积 envelope_volume	126230 Å³
水化壳体积 shell_volume	34511 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.1 Å
壳层 Rg shell_rg	37.46 Å
包络 Rg envelope_rg	30.73 Å
形状 Rg shape_rg	31.08 Å
总 Rg total_rg	31.56 Å
总原子数 total_atoms	5559
残基数 n_residues	699
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.7990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	97990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8122
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.344
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.700
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.949; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein
分子量 formula_weight	39748.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6123

MADESWRVPTPVQELAAGVVEPPTQFVLQEQDRPGSGTLLFATDMPEPIPVVDLSRLAAADEASKLRSALETWGLFLVTKHGIEASLMDDVMAASRDFFYQPLEAKQEYSNLIGGKRFQMEGYGNDMVKSKDQILDWQDRLQLRVEPQDERNLAYWPKHPDSFRDLLEKYASKTKIVRNKVLRAMGKTLELGEDYFISQIGDRASAIARFNYYPPCPRPDLVFGIKPHSDGGAVTILLVDKDVGGLQVQKDGVWYTVPSMPHTLLVNLGDSMEIMNNGIFKSPVHRVVTNAEKERLSLAMFYGVEGQRVLEPALGLLGEERPARYRKIMASDYIIGLRQGIAEGQRFIETLKI

来源 Source

来源生物 organism	Zea mays
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4577
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-OXOGLUTARIC ACID
分子量 formula_weight	146.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,5-dimethyl-3-(2-methylphenyl)-6-(2-oxidanyl-6-oxidanylidene-cyclohexen-1-yl)carbonyl-quinazoline-2,4-dione
分子量 formula_weight	418.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	558

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.580 Å
晶胞边长 b length_b	54.345 Å
晶胞边长 c length_c	174.160 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.96 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.790 Å
最低分辨率 resolution_low	45.630 Å
R 因子 r_factor	0.1996
R_work r_work	0.1979
R_free r_free	0.2311

fit	/app/data/saxs_computation/xc/8xc3/8xc3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xc/8xc3/8xc3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xc/8xc3/8xc3.dat

Crystal structure of ZmHSL1A-MBQ complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction