8xce

cocrystal structure of p53 in complex of B23

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xce
沉积日期 deposition_date	2023-12-08
最后修订 last_revision	2025-06-11
结构标题 title	cocrystal structure of p53 in complex of B23
关键词 keywords	ANTITUMOR PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX; ANTITUMOR PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.00 Å
零角强度 I(0) i0	251097000.00
分子量 molecular_weight	81177.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76501 Å³
包络体积 envelope_volume	142560 Å³
水化壳体积 shell_volume	36942 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.7 Å
壳层 Rg shell_rg	38.92 Å
包络 Rg envelope_rg	31.64 Å
形状 Rg shape_rg	31.99 Å
总 Rg total_rg	32.43 Å
总原子数 total_atoms	6069
残基数 n_residues	770
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.2 Å
Rg (实空间) rg_real	32.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	251100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9021
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.200
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.604
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	59690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.930

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Cellular tumor antigen p53
分子量 formula_weight	22505.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6437

SSSVPSQKTYQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQLAKTCPVQLWVDSTPPPGTRVRAMAIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-[(2~{Z})-2-(3-ethynylphenyl)imino-4-oxidanylidene-1,3-thiazolidin-5-ylidene]ethanoic acid
分子量 formula_weight	272.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	83

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.930 Å
晶胞边长 b length_b	71.800 Å
晶胞边长 c length_c	84.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	53.440 Å
R 因子 r_factor	0.2017
R_work r_work	0.2006
R_free r_free	0.2229

fit	/app/data/saxs_computation/xc/8xce/8xce.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xc/8xce/8xce.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xc/8xce/8xce.dat

cocrystal structure of p53 in complex of B23

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction