8xcm

Cryo-EM Structure of Membrane-bound Fructose Dehydrogenase from Gluconobacter japonicus variant-N1146Q

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 103.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xcm
沉积日期 deposition_date	2023-12-09
结构标题 title	Cryo-EM Structure of Membrane-bound Fructose Dehydrogenase from Gluconobacter japonicus variant-N1146Q
关键词 keywords	Complex, OXIDOREDUCTASE Membrane-bound protein, OXIDEREDUCTASE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.33 Å
零角强度 I(0) i0	242938000.00
分子量 molecular_weight	122460.0 kDa
排除体积 excluded_volume	151870 Å³
包络体积 envelope_volume	181710 Å³
水化壳体积 shell_volume	46141 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.7 Å
壳层 Rg shell_rg	39.77 Å
包络 Rg envelope_rg	32.49 Å
形状 Rg shape_rg	32.36 Å
总 Rg total_rg	32.75 Å
总原子数 total_atoms	8605
残基数 n_residues	1089
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.1 Å
Rg (实空间) rg_real	32.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	242900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9025
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.248
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.581
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	90750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.903

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Fructose dehydrogenase large subunit
分子量 formula_weight	59812.3 kDa
突变 mutation	N1146Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8605

MSNETLSADVVIIGAGICGSLLAHKLVRNGLSVLLLDAGPRRDRSQIVENWRNMPPDNKSQYDYATPYPSVPWAPHTNYFPDNNYLIVKGPDRTAYKQGIIKGVGGTTWHWAASSWRYLPNDFKLHSTYGVGRDYAMSYDELEPYYYEAECEMGVMGPNGEEITPSAPRQNPWPMTSMPYGYGDRTFTEIVSKLGFSNTPVPQARNSRPYDGRPQCCGNNNCMPICPIGAMYNGVYAAIKAEKLGAKIIPNAVVYAMETDAKNRITAISFYDPDKQSHRVVAKTFVIAANGIETPKLLLLAANDRNPHGIANSSDLVGRNMMDHPGIGMSFQSAEPIWAGGGSVQMSSITNFRDGDFRSEYAATQIGYNNTAQNSRAGMKALSMGLVGKKLDEEIRRRTAHGVDIYANHEVLPDPNNRLVLSKDYKDALGIPHPEVTYDVGEYVRKSAAISRQRLMDIAKAMGGTEIEMTPYFTPNQHITGGTIMGHDPRDSVVDKWLRTHDHSNLFLATGATMAASGTVNSTLTMAALSLRAADAILNDLKQG

来源 Source

来源生物 organism	Gluconobacter japonicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	376620
宿主生物 host_organism	Gluconobacter oxydans

Entity 2 polymer

描述 description	Fructose dehydrogenase small subunit
分子量 formula_weight	20106.7 kDa
突变 mutation	N1146Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEKIADSGPVQIFLSRRKLLAFSGASLTVAAIGAPSKGSTQDVVASNRDSISDFMQLSAFATGHKNLDLNIGSALLLAFEAQKHDFSTQIKALREHITKNNYQDVEALDAAMKDDPLHPTLIQIIRAWYSGVIEDETNAKVYAFEKALMYQPSRDVVVIPTYAHNGPNYWVSEPASVDVMPAF

来源 Source

来源生物 organism	Gluconobacter japonicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	376620
宿主生物 host_organism	Gluconobacter oxydans

Entity 3 polymer

描述 description	Fructose dehydrogenase cytochrome subunit
分子量 formula_weight	52252.7 kDa
突变 mutation	N1146Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MRYFRPLSATAMTTVLLLAGTNVRAQPTEPTPASAHRPSISRGHYLAIAADCAACHTNGRDGQFLAGGYAISSPMGNIYSTNITPSKTHGIGNYTLEQFSKALRHGIRADGAQLYPAMPYDAYNRLTDEDVKSLYAYIMTEVKPVDAPSPKTQLPFPFSIRASLGIWKIAARIEGKPYVFDHTHNDDWNRGRYLVDELAHCGECHTPRNFLLAPNQSAYLAGADIGSWRAPNITNAPQSGIGSWSDQDLFQYLKTGKTAHARAAGPMAEAIEHSLQYLPDADISAIVTYLRSVPAKAESGQTVANFEHAGRPSSYSVANANSRRSNSTLTKTTDGAALYEAVCASCHQSDGKGSKDGYYPSLVGNTTTGQLNPNDLIASILYGVDRTTDNHEILMPAFGPDSLVQPLTDEQIATIADYVLSHFGNAQATVSADAVKQVRAGGKQVPLAKLASPGVMLLLGTGGILGAILVVAGLWWLISRRKKRSA

来源 Source

来源生物 organism	Gluconobacter japonicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	376620
宿主生物 host_organism	Gluconobacter oxydans

Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.08 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	92560

fit	/app/data/saxs_computation/xc/8xcm/8xcm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xc/8xcm/8xcm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xc/8xcm/8xcm.dat

Cryo-EM Structure of Membrane-bound Fructose Dehydrogenase from Gluconobacter japonicus variant-N1146Q

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)