8xdd

Cryo-EM structure of human urea transporter A2.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 87.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xdd
沉积日期 deposition_date	2023-12-10
最后修订 last_revision	2024-12-04
结构标题 title	Cryo-EM structure of human urea transporter A2.
关键词 keywords	Urea transporter, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.45 Å
零角强度 I(0) i0	147422000.00
分子量 molecular_weight	108280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140330 Å³
包络体积 envelope_volume	162450 Å³
水化壳体积 shell_volume	45371 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.6 Å
壳层 Rg shell_rg	37.63 Å
包络 Rg envelope_rg	28.34 Å
形状 Rg shape_rg	28.47 Å
总 Rg total_rg	29.28 Å
总原子数 total_atoms	7644
残基数 n_residues	993
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.1 Å
Rg (实空间) rg_real	29.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	147400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9069
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.013
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.583
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.988

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Urea transporter 2
分子量 formula_weight	43419.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	7668

MEESSEIKVETNISKTSWIRSSMAASGKRVSKALSYITGEMKECGEGLKDKSPVFQFFDWVLRGTSQVMFVNNPLSGILIILGLFIQNPWWAISGCLGTIMSTLTALILSQDKSAIAAGFHGYNGVLVGLLMAVFSDKGDYYWWLLLPVIIMSMSCPILSSALGTIFSKWDLPVFTLPFNITVTLYLAATGHYNLFFPTTLLQPASAMPNITWSEVQVPLLLRAIPVGIGQVYGCDNPWTGGIFLIALFISSPLICLHAAIGSTMGMLAALTIATPFDSIYFGLCGFNSTLACIAIGGMFYVITWQTHLLAIACALFAAYLGAALANMLSVFGLPPCTWPFCLSALTFLLLTTNNPAIYKLPLSKVTYPEANRIYYLSQERNRRASIITKYQAYDVS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapien
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera

Entity 2 non-polymer

描述 description	8-hydroxyquinoline-2-carboxylic acid
分子量 formula_weight	189.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	1-(3-methoxyphenyl)methanamine
分子量 formula_weight	137.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	92767

fit	/app/data/saxs_computation/xd/8xdd/8xdd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xd/8xdd/8xdd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xd/8xdd/8xdd.dat