SAXSdb — 8xej

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xej
沉积日期 deposition_date	2023-12-12
结构标题 title	Cryo-EM structure of human XKR8-basigin complex in lipid nanodisc
关键词 keywords	scramblase, apoptosis, membrane protein, LIPID TRANSPORT; LIPID TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.71 Å
零角强度 I(0) i0	142981000.00
分子量 molecular_weight	101300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	128730 Å³
包络体积 envelope_volume	172060 Å³
水化壳体积 shell_volume	39927 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.7 Å
壳层 Rg shell_rg	41.90 Å
包络 Rg envelope_rg	36.18 Å
形状 Rg shape_rg	36.69 Å
总 Rg total_rg	37.15 Å
总原子数 total_atoms	7153
残基数 n_residues	915
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.4 Å
Rg (实空间) rg_real	37.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	143000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8923
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.203
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.849
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.948

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 2 of Basigin
分子量 formula_weight	19592.8 kDa
突变 mutation	N152Q, N186Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	7153

AGPPRVKAVKSSEHINEGETAMLVCKSESVPPVTDWAWYKITDSEDKALMQGSESRFFVSSSQGRSELHIENLNMEADPGQYRCQGTSSKGSDQAIITLRVRSHLAALWPFLGIVAEVLVLVTIIFIYEKRRKPEDVLDDDDAGSAPLKSSGQHQNDKGKNVRQRNSSDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	XK-related protein 8
分子量 formula_weight	45975.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MPWSSRGALLRDLVLGVLGTAAFLLDLGTDLWAAVQYALGGRYLWAALVLALLGLASVALQLFSWLWLRADPAGLHGSQPPRRCLALLHLLQLGYLYRCVQELRQGLLVWQQEEPSEFDLAYADFLALDISMLRLFETFLETAPQLTLVLAIMLQSGRAEYYQWVGICTSFLGISWALLDYHRALRTCLPSKPLLGLGSSVIYFLWNLLLLWPRVLAVALFSALFPSYVALHFLGLWLVLLLWVWLQGTDFMPDPSSEWLYRVTVATILYFSWFNVAEGRTRGRAIIHFAFLLSDSILLVATWVTHSSWLPSGIPLQLWLPVGCGCFFLGLALRLVYYHWLHPSCCWKPDPDQVDGARSLLSPEGYQLPQNRRMTHLAQKFFPKAKDEAASPVKGVDEFENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	Fab heavy chain
分子量 formula_weight	22869.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QSVEESGGRLVTPGTPLTLTCTVSGFSLSDYAMNWVRQAPGKGLEWIGIIYASGSRYYASWAKGRFTISKTSTTVDLKITSPTTEDTATYFCARYYAGSDIWGPGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Fab light chain
分子量 formula_weight	23261.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ADVVMTQTPSSVSAAVGGTVTINCQASQSISAYLAWYQQKPGQPPKLLIYDASDLASGVSSRFKGSGSGTQFTLTISALECADAATYYCQSYYAIITYGAAFGGGTEVVVKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDCTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	782.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.66 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	162528

fit	/app/data/saxs_computation/xe/8xej/8xej.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xe/8xej/8xej.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xe/8xej/8xej.dat

Cryo-EM structure of human XKR8-basigin complex in lipid nanodisc

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)