8xfh

Crystal structure of MiCGT(E152Q/V190D/S122P) in complex with UDP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xfh
沉积日期 deposition_date	2023-12-13
结构标题 title	Crystal structure of MiCGT(E152Q/V190D/S122P) in complex with UDP
关键词 keywords	TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.11 Å
零角强度 I(0) i0	138870000.00
分子量 molecular_weight	94909.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119080 Å³
包络体积 envelope_volume	146830 Å³
水化壳体积 shell_volume	39015 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.2 Å
壳层 Rg shell_rg	38.43 Å
包络 Rg envelope_rg	30.95 Å
形状 Rg shape_rg	31.14 Å
总 Rg total_rg	31.65 Å
总原子数 total_atoms	6693
残基数 n_residues	888
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.5 Å
Rg (实空间) rg_real	31.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	138900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8889
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.311
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.532
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	89310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.955

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	UDP-glycosyltransferase 13
分子量 formula_weight	51415.9 kDa
突变 mutation	S122P, E152Q, V190D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6693

SCPHVALLLSSGMGHLTPCLRFAATLVQHHCRVTIITNYPTVSVAESRAISLLLSDFPQITEKQFHLLPFDPSTANTTDPFFLRWEAIRRSAHLLNPLLSSISPPLSALVIDSPLVSSFVPVAANLDLPSYVLFTSSTRMCSLQETFPAFVASKTNFDSIQLDDVIEIPGFSPVPVSSVPPDFLNLNHLFTTMLIQNGQSFRKANGILINTFEALEGGILPGINDKRAADGLPPYCSVGPLLPCKFEKTECSAPVKWLDDQPEGSVVYVSFGSRFALSSEQIKELGDGLIRSGCRFLWVVKCKKVDQEDEESLDELLGRDVLEKIKKYGFVIKNWVNQQEILDHRAVGGFVTHGGWNSSMEAVWHGVPMLVWPQFGDQKINAEVIERSGLGMWVKRWGWGTQQLVKGEEIGERIKDLMGNNPLRVRAKTLREEARKAIEVGGSSEKTLKELIENWKKTSRKT

来源 Source

来源生物 organism	Mangifera indica
通用名 common_name	mango
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	29780
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.532 Å
晶胞边长 b length_b	103.354 Å
晶胞边长 c length_c	108.966 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	37.494 Å
R 因子 r_factor	0.2229
R_work r_work	0.2212
R_free r_free	0.2441

fit	/app/data/saxs_computation/xf/8xfh/8xfh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xf/8xfh/8xfh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xf/8xfh/8xfh.dat

Crystal structure of MiCGT(E152Q/V190D/S122P) in complex with UDP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)