SAXSdb — 8xgs

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xgs
沉积日期 deposition_date	2023-12-15
结构标题 title	a peptide receptor complex structure
关键词 keywords	a peptide related GPCR-Gq complex, STRUCTURAL PROTEIN, STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; STRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.37 Å
零角强度 I(0) i0	247201000.00
分子量 molecular_weight	127940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	160400 Å³
包络体积 envelope_volume	218350 Å³
水化壳体积 shell_volume	48708 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.5 Å
壳层 Rg shell_rg	42.73 Å
包络 Rg envelope_rg	38.08 Å
形状 Rg shape_rg	38.38 Å
总 Rg total_rg	38.62 Å
总原子数 total_atoms	8996
残基数 n_residues	1150
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.3 Å
Rg (实空间) rg_real	38.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	247200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9005
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.179
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.640
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	43760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.893

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	KiSS-1 receptor
分子量 formula_weight	42632.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8996

MHTVATSGPNASWGAPANASGCPGCGANASDGPVPSPRAVDAWLVPLFFAALMLLGLVGNSLVIYVICRHKPMRTVTNFYIANLAATDVTFLLCCVPFTALLYPLPGWVLGDFMCKFVNYIQQVSVQATCATLTAMSVDRWYVTVFPLRALHRRTPRLALAVSLSIWVGSAAVSAPVLALHRLSPGPRAYCSEAFPSRALERAFALYNLLALYLLPLLATCACYAAMLRHLGRVAVRPAPADSALQGQVLAERAGAVRAKVSRLVAAVVLLFAACWGPIQLFLVLQALGPAGSWHPRSYAAYALKTWAHCMSYSNSALNPLLYAFLGSHFRQAFRRVCPCAPRRPRRPRRPGPSDPAAPHAELLRLGSHPAPARAQKPGSSGLAARGLCVLGEDNAPL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	39286.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

HHHHHHLEVLFQGPGSSGSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017

Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	7851.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFFEKKFFCAIL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017

Entity 4 polymer

描述 description	scfv16
分子量 formula_weight	27707.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

DVQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQATSSVPVTPGESVSISCRSSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLTISRLEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFGAGTKLELKGSLEVLFQGPAAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017

Entity 5 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
分子量 formula_weight	41381.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MGCTLSAEDKAAVERSKMIERQLRRDKRDARRELKLLLLGTGESGKSTFIKQMRIIHGSGYSDEDKRGFTKLVYQNIFTAMQAMIRAMDTLKIPYKYEHNKAHAQLVREVDVEKVSAFENPYVDAIKSLWNDPGIQECYDRRREYQLSDSTKYYLNDLDRVADPAYLPTQQDVLRVRVPTTGIIEYPFDLQSVIFRMVDVGGQRSERRKWIHCFENVTSIMFLVALSEYDQVLVESDNENRMEESKALFRTIITYPWFQNSSVILFLNKKDLLEEKIMYSHLVDYFPEYDGPQRDAQAAREFILKMFVDLNPDSDKIIYSHFTCATDTENIRFVFAAVKDTILQLNLKEYNLV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017

Entity 6 polymer

描述 description	Metastin
分子量 formula_weight	5862.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

GTSLSPPPESSGSRQQPGLSAPHSRQIPAPQGAVLVQREKDLPNYNWNSFGLRFX

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.95 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	195272

fit	/app/data/saxs_computation/xg/8xgs/8xgs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xg/8xgs/8xgs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xg/8xgs/8xgs.dat

a peptide receptor complex structure

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)