8xhm

Crystal structure of Nocardia seriolae dUTP diphosphatase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xhm
沉积日期 deposition_date	2023-12-18
最后修订 last_revision	2024-11-13
结构标题 title	Crystal structure of Nocardia seriolae dUTP diphosphatase
关键词 keywords	Nocardia seriolae, dUTP diphosphatase, HYDROLASE, dUMP; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.47 Å
零角强度 I(0) i0	4813720.00
分子量 molecular_weight	15447.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19358 Å³
包络体积 envelope_volume	27402 Å³
水化壳体积 shell_volume	13519 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.9 Å
壳层 Rg shell_rg	23.23 Å
包络 Rg envelope_rg	19.25 Å
形状 Rg shape_rg	18.50 Å
总 Rg total_rg	19.29 Å
总原子数 total_atoms	1082
残基数 n_residues	140
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.5 Å
Rg (实空间) rg_real	19.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8140e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7290e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4814000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8616
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.451
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.282
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	589700.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.881; Smooth: 0.939

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	;Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase ;
分子量 formula_weight	19699.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1127

MTGIPPIPLLRLDPGIPVPVRAHEGDAGVDLCTTEDVIIEPGERVLVGTGIAVALPIGTVGLIHPRSGLAAKAGLSVVNTPGTVDAGYRGEIKVCLINHDPRAAIELRRGDRIAQLLVQKVELVDFVEVETLDETARGAGGYGSSGGHASLAAQSGGAGQATGKEAGGGGSLEVLFQGPGGGGSLEVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Nocardia seriolae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	;2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	308.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	45

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	120.807 Å
晶胞边长 b length_b	120.807 Å
晶胞边长 c length_c	120.807 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41 3 2
空间群编号 int_tables_number	213
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.120 Å
最低分辨率 resolution_low	29.300 Å
R 因子 r_factor	0.1868
R_work r_work	0.1859
R_free r_free	0.2053

fit	/app/data/saxs_computation/xh/8xhm/8xhm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xh/8xhm/8xhm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xh/8xhm/8xhm.dat