8xhu

Crystal structure of Helicobacter pylori IspDF

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 118.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8xhu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8xhu
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8xhu
沉积日期 deposition_date2023-12-18
结构标题 titleCrystal structure of Helicobacter pylori IspDF
关键词 keywordsIspD, IspF, Helicobacter pylori, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.36
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.58
零角强度 I(0) i0200914000.00
分子量 molecular_weight119850.0 kDa
排除体积 excluded_volume152390 ų
包络体积 envelope_volume203720 ų
水化壳体积 shell_volume47215 ų
包络直径 envelope_diameter118.7
壳层 Rg shell_rg41.36
包络 Rg envelope_rg37.27
形状 Rg shape_rg36.61
总 Rg total_rg36.80
总原子数 total_atoms8438
残基数 n_residues1058
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.7
Rg (实空间) rg_real37.31
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.95
I(0) (实空间) i0_real2.0090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal200900000.0000
解质量估计 total_estimate0.9015
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary36.8
偏度 Skewness skewness0.171
峰度 Kurtosis kurtosis-0.755
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha28520000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.895

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (7)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)