SAXSdb — 8xie

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xie
沉积日期 deposition_date	2023-12-19
最后修订 last_revision	2024-10-30
结构标题 title	Archaeal exosome complex (Rrp4-Rrp41-Rrp42)
关键词 keywords	archaeal exosome complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.98 Å
零角强度 I(0) i0	756774000.00
分子量 molecular_weight	228500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	287760 Å³
包络体积 envelope_volume	387900 Å³
水化壳体积 shell_volume	79958 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.0 Å
壳层 Rg shell_rg	47.74 Å
包络 Rg envelope_rg	37.21 Å
形状 Rg shape_rg	37.96 Å
总 Rg total_rg	38.60 Å
总原子数 total_atoms	16049
残基数 n_residues	2087
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.0 Å
Rg (实空间) rg_real	38.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2010e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	757000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8944
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.3 Å
偏度 Skewness skewness	-0.000
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.530
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	134700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.895

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Exosome complex component Rrp41
分子量 formula_weight	27557.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D
原子数 atom_count	16183

MKRMEANKIKLINEDNLRLDGRSFNELRPIKIQAGVLNRADGSAYIEWGGNKIMVGVYGPKEAYPKHSQDIDHAIVKARYNMAAFSVDERKRPGPDRRTMEISKVISEALSSSIMIEQFPRAEIDVYIEVLQADAGTRIAGLTAATVALADAGVPMRDMVVGCTAGKVDGHMVLDLSKEEDNYGEADIPIAIMPKTGDIVLMQMDGDVTEDELYQAMDMIFEATKRISQIQREALLNKYKIQDIGEGE

来源 Source

来源生物 organism	Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273075
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Exosome complex component Rrp42
分子量 formula_weight	28395.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,F

MVKESAEILSEIRKNYILSTMKGGKRIDGRLPDEFRELTIIENYIPRANGSAYVALGNTRVVAGVKIEAGEPFPDTPDQGVLTTNVELLPIAFPSFEAGPPNDLAIEVSRVVDRGIRESKMISPEKLVIEQGKKVWIVFLDINVLDYDGNLIDASTIAAVAALRNAVVPASKEGGEDFKLPVSSTPISVTMVKIGDTLVCDPSLEEDQICGGRITVTTTEDGHIRAMQKGEIGAFTVEDVKKAVKMSLEVGKKLREKYFR

来源 Source

来源生物 organism	Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273075
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Exosome complex component Rrp4
分子量 formula_weight	26497.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I,H

AMYQLGDVKKIVLPGDPIEVQGKMRNGVYRGQDNRYYSEYFGTLQVNDQFVDVVPFSGQYIPRKGDKVIGKVIEVGPSTWTVDINSPYFAMLHMNDTPWRMSSGDLKRYLNAGDYIYAKIMSVNEIKESWLTLKEPGLKKLEGGHMVLIHASRVPRVIGKGGGMVNMVKELTATRIIIGQNGLIWIDGPIEGVTMAIAAIEMIEREAHTEGLTARVESFLKELKGEKDGSQQNKADQ

来源 Source

来源生物 organism	Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273075
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	134

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	240.822 Å
晶胞边长 b length_b	240.822 Å
晶胞边长 c length_c	216.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	49.430 Å
R 因子 r_factor	0.2295
R_work r_work	0.2285
R_free r_free	0.2731

fit	/app/data/saxs_computation/xi/8xie/8xie.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xi/8xie/8xie.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xi/8xie/8xie.dat

Archaeal exosome complex (Rrp4-Rrp41-Rrp42)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)