8xil

Cellodextrin phosphorylase from Clostridium thermocellum mutant - all cysteine residues were substituted with serines

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 128.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xil
沉积日期 deposition_date	2023-12-19
结构标题 title	Cellodextrin phosphorylase from Clostridium thermocellum mutant - all cysteine residues were substituted with serines
关键词 keywords	Cellulose, Cellodextrin, Synthesis, Phosphorolysis, CARBOHYDRATE; CARBOHYDRATE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.53 Å
零角强度 I(0) i0	739713000.00
分子量 molecular_weight	227650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	286460 Å³
包络体积 envelope_volume	348930 Å³
水化壳体积 shell_volume	71856 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.9 Å
壳层 Rg shell_rg	47.01 Å
包络 Rg envelope_rg	38.42 Å
形状 Rg shape_rg	38.50 Å
总 Rg total_rg	39.07 Å
总原子数 total_atoms	30619
残基数 n_residues	1968
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.0 Å
Rg (实空间) rg_real	38.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	739800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8865
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.219
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.394
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	176900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.863; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.936

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Cellodextrin phosphorylase
分子量 formula_weight	112679.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	34642

MITKVTARNNKITPVELLNQKFGNKINLGNFADAVFTDAAFKNVAGIANLPMKAPVMQVLMENSIVSKYLKQFVPDRSVSFVEEGQKFYIVLEDGQKIEVPEDVNKALKATVSDVKHWAGYLTEDGEHVIDLLKPAPGPHFYVNLLIGNRLGFKRTLQTTPKSVVDRFGRGSFRSHAATQVLATRFDMRQEENGFPANRQFYLYEDGKQIFYSALIDDNIVEATSKHSSNRTVIKYKTASNLEITRTIFLVPHKKGFPLATELQRIEIKNASDKARNLSITYTGMFGTGAVHAIFEDVTYTNVIMQSAALYNDKGEFIGITPDYYPEEFKQDTRFVTMIVRNGDEKSFPQSFSTDYNDFVGTGTLEHPAGGSNLNNKLNRKGPGFFALGAPFTVEPGKTVIIDTFTGLSSSKDNENYSDAVMLRELDNLLRYFEKSESVEETLNEIINFHENYGKYFQFNTGNKLFDSGFNRNLAFQVLYQTFMSRSFGQTQKGYREIGFREIQDLFASMYYFINIGYQDFVKELLFEWTANVYKMGYANHNFYWVGKQPGLYSDDSLWLLQAYYRYIIYTKDTSVLNEEVPVADGNNEKRAVRETLKAIIQYSASISVGDHGLPLLDLADWNDSLKIDSNSIDGATKEKLYYEQLKKTNGKYGDRFMSDYSESVMNAFLLKLAIDHLAEIATLDNDTQLAQQMSELSKEVTDRIQKHAWKENFFARVLINRYKDGSYTYLGAKGDKLSADPNIDGVYFLNSFAWSVLSDVATDEQIAIMVDVIKKHLLTPYGLRLVTPADLNKIANDTATGHYFFGDRENGAVFKHASMMAVAALIKAAKKVKDNELAKEMARIAYFMIDLVLPYKNLENPFQVAGNPRISTQYINTDTGENIGPLLSGTATWLNLNLISLAGIEYTRDGISFNPILREEETQLNFTLKAPKSSYKFSITKPVGFARMESSEYELFVDGQKIDNTVIPMYTDEKEHIVTLKFKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Acetivibrio thermocellus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1515
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2099

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.208 Å
晶胞边长 b length_b	88.778 Å
晶胞边长 c length_c	88.761 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	98.58 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	110.56 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	1.210 Å
最低分辨率 resolution_low	43.820 Å
R 因子 r_factor	0.1437
R_work r_work	0.1427
R_free r_free	0.1635

fit	/app/data/saxs_computation/xi/8xil/8xil.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xi/8xil/8xil.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xi/8xil/8xil.dat