8xkf

Crystal structure of Helicobacter pylori IspDF with substrate CTP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 134.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xkf
沉积日期 deposition_date	2023-12-23
结构标题 title	Crystal structure of Helicobacter pylori IspDF with substrate CTP
关键词 keywords	IspD, IspF, Helicobacter pylori, Transferase, CTP; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.37 Å
零角强度 I(0) i0	897079000.00
分子量 molecular_weight	254900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	321820 Å³
包络体积 envelope_volume	429500 Å³
水化壳体积 shell_volume	78564 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.1 Å
壳层 Rg shell_rg	52.50 Å
包络 Rg envelope_rg	41.87 Å
形状 Rg shape_rg	43.36 Å
总 Rg total_rg	43.80 Å
总原子数 total_atoms	17932
残基数 n_residues	2222
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.1 Å
Rg (实空间) rg_real	43.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.9710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	897500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8830
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	63.3 Å
偏度 Skewness skewness	-0.103
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.576
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	93240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.935

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Bifunctional enzyme IspD/IspF
分子量 formula_weight	42890.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.60,4.6.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	18605

MHHHHHHIKQTSVVLLAAGESRRFSQTIKKQWLRSNHTPLWLSVYESFKEALDFKEIILVVSELDYIYIKRHYPEIKLVKGGASRQESVRNALKIIDSAYTLTSDVARGLANIEALKNLFLTLQQTSHYCIAPYLPCYDTAIYYNEALDREAIKLIQTPQLSHTKALQSALNQGDFKDESSAILQAFPDRVSYIEGSKDLHKLTTSGDLKHFTLFFNPAKDTFIGMGFDTHAFIKDKPMVLGGVVLDCEFGLKAHSDGDALLHAVIDAILGAIKGGDIGEWFPDNDPKYKNASSKELLKIVLDFSQSIGFELFEMGATIFSEIPKITPYKPAILENLSQLLGLEKSQISLKATTMEKMGFIGKQEGLLVQAHVSMRYKQKL

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori 26695
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	85962
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	483.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	323.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	403.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	673

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	146.624 Å
晶胞边长 b length_b	146.624 Å
晶胞边长 c length_c	256.495 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	47.560 Å
R 因子 r_factor	0.1949
R_work r_work	0.1924
R_free r_free	0.2273

fit	/app/data/saxs_computation/xk/8xkf/8xkf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xk/8xkf/8xkf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xk/8xkf/8xkf.dat