8xkl

Structure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 193.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xkl
沉积日期 deposition_date	2023-12-23
最后修订 last_revision	2024-06-05
结构标题 title	Structure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae
关键词 keywords	Photosystem II, PHOTOSYNTHESIS, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.21 Å
零角强度 I(0) i0	412753000.00
分子量 molecular_weight	214730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	285580 Å³
包络体积 envelope_volume	402750 Å³
水化壳体积 shell_volume	67641 Å³
包络直径 envelope_diameter	191.6 Å
壳层 Rg shell_rg	49.64 Å
包络 Rg envelope_rg	55.46 Å
形状 Rg shape_rg	54.16 Å
总 Rg total_rg	54.18 Å
总原子数 total_atoms	15357
残基数 n_residues	1344
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	193.1 Å
Rg (实空间) rg_real	54.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	412200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7473
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.485
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.531
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.618; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.857; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (17)

Entity 1 polymer

描述 description	ACPII-4
分子量 formula_weight	23734.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0
原子数 atom_count	15357

AVVLAACVASAAAFAPGASVLPRAAARATSTKGPSMQLLPLYGEGKLQGPGTQAIPGSEPPPALDGTWVGDVGFDPLGFSRVIDMRWLREAELKHGRVCMLAATGMIVQDIALFPGVTKTFGPAKITALHDVAVKQGSMQQLLVWLGFLEIFGFVAIVQMLQGSGRQPGDFGFDPLNCGANTDTLARRQLVELKNGRLAMIATGGMIHHFFLTGKGPIEFITTLGA

Entity 2 polymer

描述 description	ACPII-1
分子量 formula_weight	25151.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7

KMLRLSILAACLAAAQAFTSPAALLRPSTRAAVSRGPSMQLYKDGIIQGLGVEAIPGAGRPANLDGTLVGDVGFDPLGFSNWLDLRWAREAEIKHGRVAMLAATGMIVQDAYKFPGFEGEFGGAAMMKLHNLAVEQGAMQQLLLWLGLLEIISGVPAIIQTLNGSERQPGDFGFDPLNCGANPDTLARRQLTELKNGRLAMIAVGGMVHHYLLVGRGPIEFITNIPNFKNPLPPF

Entity 3 polymer

描述 description	ACPII-2
分子量 formula_weight	23471.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	8

AMLRVALIAAILASASAFAPMGSLGLVKSARSGAAISPRMQSGDFSAAVPFLKRPSNLDGTLAGDVGFDPLGFSDVFDLRVLREAELKHGRFAMLAVLGFLVQEVYTFPFFPKMAPVDAHDYFVTQGGGSQIIFWISFVEIFGVVALFELIQGKRDAGDFAFDPLGLGKDEATLARYKVAEIKHARLAMIAIGGFIHQFWVTKQTVLEQLGNFQSLA

Entity 4 polymer

描述 description	ACPII-3
分子量 formula_weight	24055.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	9

ITHSRMLRTAILALCVAGASAFTASPALYKSASRKAAVSGMKMQDRSYAMPFLSRPPALDGSMAGDVGFDPLGFSNYFDLKWLREAELKHGRVCMLGCLGFLVQEQANLPLPGFDNKLATEAFFSVPAGGLWQIFFSLGAIEIITNKGKLTPGSMFTGGRAPGDLDFDPLNLSVDETALRRFELAELKHARLAMIGLGGMLHQMLLTKQAPIEQLTNFKSLA

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein G
分子量 formula_weight	5464.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

Entity 6 polymer

描述 description	ACPII-6
分子量 formula_weight	23923.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

PAMFRAALLLACLASASAFAPGSLMMPKSATRAAISRGPRMQANDDLAVPFLERPPMLDGSYAGDIGFDPVGFSNYFDLRWLREAELKHGRVCMLGVVGFLVQEFVTLPMFSNGVTPVDDFFVVPATGLWQIFFTIGFVEAFSNGFKLTPSDMFADDRAPGDLGFDPLGCGKDPAALARRQLVEVKNGRLAMIAFGGMLHQQLLTKQGVIEQLTNFKAIM

Entity 7 polymer

描述 description	ACPII-5
分子量 formula_weight	23762.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	p

ACASAAAFAPGAMPSIGKAPRAVSKTAPRMAVFPGQFSDSVPFLKQPTNLDGSYVGDVGFDPLGFSDVFDIRVLREAELKHGRIAMLATLGMVVQEAYTFPFFDKVLPIPAHDVIVKSGGMSQILLWTSFAEIFGGIALFQTIQGKRAPGDYSFDPLNLSANDLEKRERYALAEIKHSRLAMLAFSGMVHQYFITNQGVIEQINNFRPINGFPDATFS

Entity 8 polymer

描述 description	CCPII-S
分子量 formula_weight	30531.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	s

DHKRSRMMKSLALAAVGLAVGAEAFAPTPMVGGAKLALRTSSTRSVATVGPKMAMDVNAIVEGAQYLTAAVPNVPFVDEITGEPQGLTAPIVHFGSVISLWLLFALPVWSAAYKAAGADTAEWVGVSQVTEDAPGIGLYGKYAPEYDGPTFREGLEYVLSFAWKPPILIAWKPRADLDRAMMDPARDTVVSSLYKSLGGALDKTAVYDEEDQLLILSDMETFPETELGRRRVAQAEAAGWFTGNPSFGKSLIEYSEETKKGMREPGTVSISAKELAALRAEAAKK

Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	69

Entity 10 non-polymer

描述 description	Chlorophyll c2
分子量 formula_weight	608.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 11 non-polymer

描述 description	;(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	550.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 12 non-polymer

描述 description	;(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	564.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 13 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 14 non-polymer

描述 description	;(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	566.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 15 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 16 non-polymer

描述 description	(6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 17 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.84 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	610800

fit	/app/data/saxs_computation/xk/8xkl/8xkl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xk/8xkl/8xkl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xk/8xkl/8xkl.dat

Structure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (17)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)