8xls

PSI-FCPI of the diatom Thalassiosira pseudonana CCMP1335

Method: ELECTRON MICROSCOPY

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

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P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xls
沉积日期 deposition_date	2023-12-26
结构标题 title	PSI-FCPI of the diatom Thalassiosira pseudonana CCMP1335
关键词 keywords	Photosystem I, ELECTRON TRANSPORT, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (32)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83725.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	37637

MAISSTERRSKNVQVFVEKDAVETSFAKWAQPGHFSRTLAKGPKTTTWIWNLHADAHDFDSQTSSLEEVSRKIFSAHFGQLAIIFLWISGMHFHGAYFSNYSAWLTDPISIKQSSQVVWPIVGQEILNADVGGNFQGIQTTSGWFQMWRAEGITSEVELYWTAIGGLAMSAIMLFAGWFHYHKAAPKLEWFQNAESMMNHHLAGLLGLGCLSWSGHQIHIALPINKLLDAGVSPQEIPLPHEFLINRDLMAQLYPSFSKGLAPFFGGNWGEYSDFLTFKGGLNPVTGGLWLSDIAHHHLALSVLFIIAGHMYRTNWGIGHNMKEILEAHKGPFTGEGHKGLYEILTTSWHAQLAINLAMMGSLSIIVAHHMYAMPPYPYLATDYATQLSLFTHHMWIGGFCVVGGAAHGAIFMVRDYTPANNYNNLLDRVLRHRDAIISHLNWVCIFLGCHAFGFYIHNDTMRALGRPQDMFSDKAIQLQPIFAQWIQNIHLLAPGTTAPNALATTSYAFGGDVIEVGGKIAMMPIKLGTADFMVHHIHAFTIHVTVLILLKGVLYARSSKLIPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQSSSWDHVFLGLFWMYNSISVVIFHFSWKMQSDVWGTITPDGAISHITGGNFAQSSITINGWLRDFLWSQASQVIQSYGSASSAYGLIFLGAHFIWAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLNFAPTIQPRALSITQGRAVGLAHYLLGGIGTTWAFFLARAISIT

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	82173.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MATKFPKFSQALAQDPATRRIWYGIATAHDLEAHDGMTEENLYQKIFASHFGHLAIIFLWTSGNLFHVAWQGNFEKWVSNPLKTRPIAHSIWDPHFGESALKAFSKGNTYPVNITFSGLYQWWYTIGFRTNQELYKGSIGLLLLASVLLIAGWLHLQPKFRPSLSWFKNNESRLNHHLSGLLGFSSLAWTGHLVHVAIPASRGVHVGWDNFLTTPPHPAGLTPFFTGNWTVYAENPDSATHVFNTSEGSGTAILTFLGGFHPQTQSLWLSDMAHHHLAIAVVFIVAGHMYRTNFGIGHNMKEILDAHRPPGGRLGAGHVGLFETITNSLHMQLGLALACLGVATSLTAQHMYALTPYAYLSKDFTTEAALYTHHQYIAGFLMVGAFAHGAIFFVRDYDPELNKNNVLARMLEHKEAIISHLSWASLFLGFHTLGLYIHNDTVVAFGQPEKQILFEPLFAEYIQAASGKAVYQFNVLLASSTSPATAAGNQVWLPGWLEAINNPKTDLFLKIGPGDFLVHHAIALGLHVTALILVKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAMFWMLNTIGWVTFYWHWKHMTIWGGNPGQFDESSNYIMGWLRDYLWLNSSPLINGYNPFGMNNLSVWSWMFLFGHLIWATGFMFLISWRGYWQELIETLVWAHERTPLANLIRWRDKPVALSIVQARLVGLVHFSVGYILTYAAFVIASTSGKFA

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8807.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSHTVKIYDTCIGCTQCVRACPTDVLEMVPWDGCKSGQIASSPRVEDCVGCKRCETACPTDFLSVRVYLGAETTRSLGLAY

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II
分子量 formula_weight	15535.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTLNLKTPFPTFGGSTGGWLRAAEVEEKYAITWTSTKEQIFEMPTGGAAIMRNGENLLYLARKEQCLALSTQLRTFKINDYKIYRIFPSGEVQYLHPKDGVFPEKVNPGRTSVNSRGFSIGKNPNPASIKFSGITTYES

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	7520.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MIDRNSKVRILRKESYWFNQIGTVATVDQSGIRYPAVVRFESVNYAGTNTNNFALDELVEVKKEK

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	20382.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MKRVNLLTLLFAVLIALTPNQALAEIGGLTKCSESAAFTKRLNASVKKLEQRASQYEADSPPALALKQQVERTQARFDKYSRSELLCGADGLPHLVADGRWSHAAEFILPGFGFIYISGWIGWVGRKYLRAVSTSANPSESEIIINVPLALKIMTTGYIWPISAWQELISNDLVAVSEEITVSPR

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	3919.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MAASFLPSILVPLVGLIFPAFSMALFFLYVQTDDIA

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4854.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MNDFQKYLSTAPVLLTLWMTFTAGFIIEVNRFFPDMLGLYF

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XI
分子量 formula_weight	15715.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MANFIKPYNDDPFVGHLATPITSSSLTRALLKNLPAYRFGLTPLLRGLEIGLAHGYFLIGPFAQLGPLRNSDIGLLAGFLSTIGLILILTLGLTIYGAAAFGQEKSNGSELQTKKSWDQFKGGFFVGACGSAGFAFICLSSIPTFALN

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3272.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MITDFQVYIALMAALLASVLAIRLGATLYQ

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit Psa29
分子量 formula_weight	20048.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MKIVLIALSAASVSAFAPNAFGVRRTCYFEWLDLTIPSCGETTSLNVDLDYGMKNSYVPATGGDGGQGQFGAQSPNDWRVAGTSPVGETSYAGAADGGEEPWFAEAISTVSLDLQKADETLKAFTKDAAAFKIEEFAAEKPYGFTSSDAAMEELVGKLGYSKFLEMSTKQLMKTWGTLHPDPAAAKEE

Entity 12 polymer

描述 description	Unknown protein
分子量 formula_weight	7166.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	u

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

Entity 13 polymer

描述 description	Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein RedCAP
分子量 formula_weight	23695.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

MKTAALVTLALAGSAQAFAPSTSRVSVSRTSTSVASSVFDDAVKDWAEEYPQFAAWGWGPSVQAEIWNGRHAMFGWVVMCACAYAKGHGLIPDADQTLDLKEWGTLATISGKNTITNERAIILIANVHALMVGLAATISPNSFADTLLLDPNHPMYEWQMERNSKLGGVMPNLGKMGVTPEAELANGRMAMMGIITCIAYSGIQGQSMIDTINEWVGGAYF

Entity 14 polymer

描述 description	Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein
分子量 formula_weight	21438.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

MLKAVLTTSLIAAASAFAPASVGRSTVALNEMSKSIPFLTVPEKLDGSMAGDVGFDPMGLSDIQTDLNYARWAELKHGRICMLAVVGMVWQEYGPHLPGDAYATKDPWEAISSVGFASNFQTLLAIGVVELANWNKYYGDGTPGDIGWTGGQLSKMNDAQIKTRMESEIVHCRLAMIAFIGATHQTFLLHKGLLDFSY

Entity 15 polymer

描述 description	Pt17531-like protein
分子量 formula_weight	21210.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

MKTAILATLAASAAAFAPASISSPSTTQLSAWRDEVVVGITAPVGFFDPLGLSKGKDDATMAYYREAELKNGRVAMAACLGWYLNAGGVHPAFNSELSNDPLKAMVELPAVGWLQFVLGCGAIEWLGQQIKERPGYVPGDLLGASYWVDNSDEGWVMYQNKELNNGRLAMLAIVGMVYQDVFVGDYGDMMYKQLVR

Entity 16 polymer

描述 description	Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type
分子量 formula_weight	21502.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

MKTACLIASSLIASASAFAPAPVAKSTTALSADFSGEIGAANAELGCWDPLNFCTDQASFDKMRYAELKHGRVAQLAAWGYATTWSGARFPGCEDFPAGHEAVLKIGTENLIPVLVVAGALETLWKQKEGSFPGDFSATSFPVGFGPFAKTEADMIDLRTKELNNGRAAMMGILGMIVHEQIDGKPFIFFDKFEIYAPFGN

Entity 17 polymer

描述 description	Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8
分子量 formula_weight	21112.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

MKSVCIALLASSVSAFAPSQQGPVKSALSYASELDSMTGTGIESPKVFDPLNLSDYVPVDWARRAELSNGRSAMLATVGWFFPKVFGTFDSTDVTTTDPIDAIMQADPQWWAQWILICGVFETWKYKKEMEGKSFLGGADPAVDYLKLWPADAAAQEEMKTKELKNARLAMIGIAGFAANHFIPGSCPVPDFIA

Entity 18 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A ISOMER
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 19 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	138

Entity 20 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 21 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 22 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 23 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 24 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 25 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	89

Entity 26 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 27 non-polymer

描述 description	Zeaxanthin
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 28 non-polymer

描述 description	(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
分子量 formula_weight	582.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 29 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 30 non-polymer

描述 description	Chlorophyll c1
分子量 formula_weight	610.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 31 non-polymer

描述 description	;(3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate ;
分子量 formula_weight	658.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 32 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	922

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	75667

PSI-FCPI of the diatom Thalassiosira pseudonana CCMP1335

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (32)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

Entity 29 non-polymer

Entity 30 non-polymer

Entity 31 non-polymer

Entity 32 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (0)