SAXSdb — 8xon

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xon
沉积日期 deposition_date	2024-01-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of the ClpC1:ClpP1P2 degradation complex in Streptomyces hawaiiensis
关键词 keywords	protease, protein degradation, proteostasis, proteolysis, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	63.83 Å
零角强度 I(0) i0	6509440000.00
分子量 molecular_weight	675080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	843680 Å³
包络体积 envelope_volume	1293100 Å³
水化壳体积 shell_volume	166510 Å³
包络直径 envelope_diameter	206.2 Å
壳层 Rg shell_rg	68.06 Å
包络 Rg envelope_rg	61.49 Å
形状 Rg shape_rg	63.84 Å
总 Rg total_rg	63.88 Å
总原子数 total_atoms	47409
残基数 n_residues	6068
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	244.2 Å
Rg (实空间) rg_real	67.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5640e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4050e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6509000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8568
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	68.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.635
峰度 Kurtosis kurtosis	0.271
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.7926
最高正则化参数 α highest_alpha	1067000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.577; Stabil: 0.876; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.950

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	NDP-hexose 4-ketoreductase
分子量 formula_weight	77312.1 kDa
突变 mutation	E284A,F440A,E622A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,R,Q,P,O,T
原子数 atom_count	47409

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSEFAEGTPSTSLVLDQFGRNLTQAARESKLDPVIGREKEIERVMQVLSRRTKNNPVLIGEPGVGKTAVVEGLAQAIVKGEVPETLKDKHLYTLDLGALVAGSRYRGDFEERLKKVLKEIRTRGDIILFIDALHTLVGAGAAEGAIDAASILKPMLARGELQTIGATTLDEYRKHLEKDAALERRFQPIQVAEPSLPHTIEILKGLRDRYEAHHRVSITDEALVQAATLADRYISDRFLPDKAIDLIDEAGSRMRIRRMTAPPDLREFDEKIAGVRRDKESAIDSQDAEKAASLRDKEKQLLAAKAKREKEWKAGDMDVVAEVDGELIAEVLATATGIPVFKLTEEESSRLLRMEDELHKRVIGQVDAVKALSKAIRRTRAGLKDPKRPGGSFIFAGPSGVGKTELSKALAEFLFGDEDALISLDMSEFSEKHTVSRLFGSPPGYVGYEEGGQLTEKVRRKPFSVVLFDAVEKAHPDIFNSLLQILEDGRLTDSQGRVVDFKNTVIIMTTNLGTRDISKGFNLGFAAQGDTKSNYERMKNKVSDELKQHFRPEFLNRVDDVVVFPQLSQADILKIVDLMIDKVDERLKDRDMGIELSSSAKELLSKKGYDPVLGARPLRRTIQREIEDSLSEKILFGELRPGHIVVVDTEGEGETKTFTFRGEE

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces hawaiiensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	67305
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	casein
分子量 formula_weight	2060.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

Entity 3 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
分子量 formula_weight	24216.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
突变 mutation	S113A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSEFGGLGDQVYNRLLNERIIFLGQPVDDDIANKITAQLLLLASDPEKDIYLYINSPGGSITAGMAIYDTMQYIKNDVVTIAMGLAAAMGQFLLSAGTPGKRFALPNAEILIHQPSAGLAGSASDIKIHAERLLHTKKRMAELTSQHTGQTIEQITRDSDRDRWFDAFEAKEYGLIDDVMTTAAGMPGGGGTGA

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces hawaiiensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	67305
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
分子量 formula_weight	22807.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
突变 mutation	S131A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J,K,L,M,N

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMEYDPYAKLFEERVIFLGVQIDDASANDVMAQLLCLESMDPDRDISVYINSPGGSFTALTAIYDTMQYVKPDVQTVCMGQAAAAAAVLLAAGTPGKRMALPNARVLIHQPYSETGRGQVSDLEIAANEILRMRSQLEDMLAKHSTTPVEKIREDIERDKILTAEDALSYGLIDQVISTRKMDNSSLR

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces hawaiiensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	67305
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.96 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	113281

fit	/app/data/saxs_computation/xo/8xon/8xon.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xo/8xon/8xon.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xo/8xon/8xon.dat

Cryo-EM structure of the ClpC1:ClpP1P2 degradation complex in Streptomyces hawaiiensis

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)