8xr6

Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem II

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 253.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xr6
沉积日期 deposition_date	2024-01-06
结构标题 title	Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem II
关键词 keywords	Cryptophyte, Photosystem II, evolution, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	72.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	73.20 Å
零角强度 I(0) i0	12243200000.00
分子量 molecular_weight	1155400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1523900 Å³
包络体积 envelope_volume	1959200 Å³
水化壳体积 shell_volume	213390 Å³
包络直径 envelope_diameter	255.6 Å
壳层 Rg shell_rg	76.73 Å
包络 Rg envelope_rg	73.57 Å
形状 Rg shape_rg	73.26 Å
总 Rg total_rg	72.99 Å
总原子数 total_atoms	82226
残基数 n_residues	8208
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	253.7 Å
Rg (实空间) rg_real	75.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2250e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8860e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	72.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12240000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8863
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	80.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.546
峰度 Kurtosis kurtosis	0.064
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.1530
最高正则化参数 α highest_alpha	1817000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.815; Stabil: 0.885; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.479

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (45)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1
分子量 formula_weight	39590.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,A
原子数 atom_count	82310

MTATLERRESASAWERFCSWITSTDNRLYIGWFGVLMIPTLLTATTVYIIAFVAAPPVDIDGIREPVAGSLLYGNNIITGAVIPSSASIGIHFYPIWEAASLDEWLYNGGPYQLIVDHFLLGVCGWIGREWEFSYRLGMRPWISVAFTAPVAAASAVFLVYPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMLVFQAEHNILMHPFHQLGVAGVFGGSLFSAMHGSLVTSSLIRETTENESANYGYKFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRALHFFLGLWPVVGIWFTALGVMTMAFNLNGFNFNQSVVDSQGRVINTWADILNRANLGMEVMHERNAHNFPLDLAAGESLPVALTAPAVNG

Entity 2 polymer

描述 description	ACPII-4
分子量 formula_weight	23658.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0,4

MLRTAILALCVAGASAFTASPALYKSASRKAAVSGMKMQEADRSYAMPFLSRPPALDGSMAGDVGFDPLGFSNYFDLKWLREAELKHGRVCMLGCLGFLVQEQANLPLPGFDNKLATEAFFSVPAGGLWQIFFSLGAIEIITNKGKLTPGSMFTGGRAPGDLDFDPLNLSVDETALRRFELAELKHARLAMIGLGGMLHQMLLTKQAPIEQLTNFKSLA

Entity 3 polymer

描述 description	ACPII-1
分子量 formula_weight	23755.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,7

MFRAALLLACLASASAFAPGSLMMPKSATRAAISRGPRMQANDDLAVPFLERPPMLDGSYAGDIGFDPVGFSNYFDLRWLREAELKHGRVCMLGVVGFLVQEFVTLPMFSNGVTPVDDFFVVPATGLWQIFFTIGFVEAFSNGFKLTPSDMFADDRAPGDLGFDPLGCGKDPAALARRQLVEVKNGRLAMIAFGGMLHQQLLTKQGVIEQLTNFKAIM

Entity 4 polymer

描述 description	ACPII-2
分子量 formula_weight	22144.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2,8

APRAVSKTAPRMAVFPGQFSDSVPFLKQPTNLDGSYVGDVGFDPLGFSDVFDIRVLREAELKHGRIAMLATLGMVVQDAYTFPFFDKVLPIPAHDVIVKSGGMSQILLWTSFAEIFGGIALFQTIQGKRAPGDYSFDPLNLSANDLEKRERYALAEIKHSRLAMLAFSGMVHQYFITNQGVIEQINNFRPINGFPDATFS

Entity 5 polymer

描述 description	ACPII-3
分子量 formula_weight	24136.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3,9

MLRAVVLAACVASAAAFAPGASVLPRAAARATSTKGPSMQLLPLYGEGKLQGPGTQAIPGSEPPPALDGTWVGDVGFDPLGFSRVIDMRWLREAELKHGRVCMLAATGMIVQDIALFPGVTKTFGPAKITALHDVAVKQGSMQQLLVWLGFLEIFGFVAIVQMLQGSGRQPGDFGFDPLNCGANTDTLARRQLVELKNGRLAMIATGGMIHHFFLTGKGPIEFITTLGA

Entity 6 polymer

描述 description	ACPII-5
分子量 formula_weight	23400.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5,g

MLRVALIAAILASASAFAPMGSLGLVKSARSGAAISPRMQSGDFSAAVPFLKRPSNLDGTLAGDVGFDPLGFSDVFDLRVLREAELKHGRFAMLAVLGFLVQEVYTFPFFPKMAPVDAHDYFVTQGGGSQIIFWISFVEIFGVVALFELIQGKRDAGDFAFDPLGLGKDEATLARYKVAEIKHARLAMIAIGGFIHQFWVTKQTVLEQLGNFQSLA

Entity 7 polymer

描述 description	ACPII-6
分子量 formula_weight	25022.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6,p

MLRLSILAACLAAAQAFTSPAALLRPSTRAAVSRGPSMQLYKDGIIQGLGVEAIPGAGRPANLDGTLVGDVGFDPLGFSNWLDLRWAREAEIKHGRVAMLAATGMIVQDAYKFPGFEGEFGGAAMMKLHNLAVEQGAMQQLLLWLGLLEIISGVPAIIQTLNGSERQPGDFGFDPLNCGANPDTLARRQLTELKNGRLAMIAVGGMVHHYLLVGRGPIEFITNIPNFKNPLPPF

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	56354.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b

MGLPWYRVHTVVLNDPGRLIAVHLMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLNPMWRQGMFVMPFMARIGVTDSWGGWSVTGESVANPGFWSFEGVALAHIGLSGLLFLAAVWHWVYWDLELFRDPRTGNPALDLPKIFGIHLLLSGVLCFGFGAFHVTGAWGPGIWVSDAYGITGKVQPVAPAWGAEGFNPFNPSGVASHHIAAGILGFLAGIFHIAVRPPQRLYRALRMGNIETVLSSSIAAVFWSAFITTGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDSGYFQQEIERRVENSLNEGLNLSEAWSRIPDKLAFYDYIGNNPAKGGLFRAGPMNKGDGIAEAWLGHPIFQDKEGKELTVRRMPAFFETFPVILVDKDGIIRADIPFRRAESKYSIEQVGVTVSFYGGKLNGQVFKDAPTVKKYARKAQLGEVLEFDRTTLESDGVFRSSPRGWYTFGHANFALLFFLGHLWHGSRTLFRDVFSGIGAEVTEQVEFGAFQKLGDRSTKKQGAV

Entity 9 polymer

描述 description	PsbC_CP43
分子量 formula_weight	52077.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

MKTLYSLRRFYHVETPFNSSLSVAGRDIESTGFAWWSGNSRLINVSGKLLGAHVAHAGLMVFWCGAMTLFEVAHYIPEKPLYEQGLILLPHLAVLGWGVGPGGEIIDIYPYFVVGVLHLISSAVLGFGGVYHSLIGPDTLEESFPAFGYDWRDKNKITTILGIHLIVLGIGAFLLVIKAMYVGGIYDTWAPGGGDVRIIDSPTLNPGVIFGYVLKSPWGGDGWIVSVNNMEDLVGGHIWIGIICIVGGFWHIFTKPFAWARRAYVWSGEAYLSYSLVAVSLMGFIASQYSWYNNTAYPSEFYGPTGPEASQSQAFTFLVRDQRLGANVSSAQGPTGLGKYLMRSPSGEIILGGETQRFWDLRAPWIEPLRGPNGLDLNKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSVNYVSPRSWLTCAHFFLGFAFYIGHLWHAGRARAAAAGFEKGINRENEPTLSLRPID

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	39216.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d

MTIAIGQEEGRGWFDLIDDWLKRDRFVFVGWSGLLLFPTSYLSIGGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFFTAAVSTPANSMGHSLLLLWGPEAQGDFTRWCQIGGLWAFCALHGSFALIGFCLRQFEIARLVGIRPYNAIAFSGPIAIFVSVFLMYPLGQASWFFAPSLGVAAIFRFLLFIQGFHNFTLNPFHMMGVAGILGAALLCAIHGATVQNTIFEDGDAANTFRAFTPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPLAGLWTSAIGIVGLALNLRAYDFVSQELRAAEDPEFETFYTKNILLNEGIRSWMAAQDQPHENFIFPEEVLPRGNAL

Entity 11 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	9505.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,e

MSGGSTGERPFSDIITSIRYWIIHSITIPALYVAGWLFVSTGLAYDIFGTPRPNEYFTQDRQQVPLVNDRFSAKQELEDLTKGL

Entity 12 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	4845.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f

MSKIQQPVSYPIFTFRWLAIHGLAVPTVFFLGAITSMQFIQR

Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	7519.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

MALRTRLGELLRPLNSEYGKVAPGWGTTPIMGFVMLLFFLFLLIILQIYNSSLIIENVDVDWASLGS

Entity 14 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	4424.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i

MFTLKIVVYTTVTFFVSLFTFGFLSNDASRNPNRKDLE

Entity 15 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein J
分子量 formula_weight	3964.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,j

MASTGRIPLWLIATVGGTLALTVVGIFFYGSYSGVGSSL

Entity 16 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K
分子量 formula_weight	5005.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k

MEAILLIAKLPEAYAVFKPIIDVAPVIPVFFLLLAFVWQAAVGFR

Entity 17 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4363.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

MSGPNPNKQPVELNRTSLFWGLLLIFVLAVLFSSYFFN

Entity 18 polymer

描述 description	PsbM
分子量 formula_weight	3933.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,m

MNVSVAAYLAVLLGTFVPVVFLVTLYIQSESRKAGSS

Entity 19 polymer

描述 description	Psb-gama_linker
分子量 formula_weight	31745.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,n

TRLVSDWSSDVCSSDLSRMMKSLALAAVGLAVGAEAFAPTPMVGGAKLALRTSSTRSVATVGPKMAMDVNAIVEGAQYLTAAVPNVPFVDEITGEPQGLTAPIVHFGSVISLWLLFALPVWSAAYKAAGADTAEWVGVSQVTEDAPGIGLYGKYAPEYDGPTFREGLEYVLSFAWKPPILIAWKPRADLDRAMMDPARDTVVSSLYKSLGGALDKTAVYDEEDQLLILSDMETFPETELGRRRVAQAEAAGWFTGNPSFGKSLIEYSEETKKGMREPGTVSISAKELAALRAEAAKK

Entity 20 polymer

描述 description	PsbO
分子量 formula_weight	32104.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,o

NRAAACSVTMQDNSLAKKAAGIAAIPLSFLLGVNAANAITTEDIRGLTYSQVKGTGLANRCPEVSEQNAGGTIKFADDKKYKVTELCLEPKSFQIEEEVTKRRGETKKEFVDTKLMTRATYSLTGIEGPIVFKDGGLTFLEKGGIDYAATTVQLPGGERVPFLFTIKELEGKFSSSQVSAGTELGGNFKTPSYRTGLFLDPKGRGGTTGYDMAVALPGLEADGGEGQDELFAETNKVFQVTDGSIEMAFNRVDGTNGEFSGVFVSEQLSDTDMGSKAPKKVLLKGIVFGKIEEQTGDEDY

Entity 21 polymer

描述 description	PsbQ
分子量 formula_weight	15748.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,q

AASGDFPKQSYFGAAPISAPFGDTYGTAGAPIWEKLGETEKGIFTRIAQTTKDQLEQASELISLGSWEASRQRLRMTMYETRKSMVRLTDVDGSKDAKDLFATFKKKLEALDRALVAKDKALSIKLIGDVRASYNKWAATVGGV

Entity 22 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3664.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,t

METLVYVFLLAGTLGVIFFAVFFRDPPRIAKK

Entity 23 polymer

描述 description	PsbU
分子量 formula_weight	13211.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,u

MQAESVDRRGFLGALGAAVVAAPLAASANVEYPNVPYLGGSDIIDVNNANVRVYTRLPGMYPAIAKKIIKRAPYKDINEMLEKGDFTAAEKDILDKYLPNLTALEPAPEYVIDNINNGLYR

Entity 24 polymer

描述 description	Photosystem II cytochrome c550
分子量 formula_weight	17708.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,v

MLKRFSSLNIILGMLLVSFVASPVHATDLDENTRTVPLDSSGTTVILTPEQVKRGKRLFNSSCGNCHVGGITKTNPNLGLEPDALSLATPARDNIDALVDYMKNPTTYDGLESIAELHPSVKSADIFPKMRSLSDEDLFAIGGHILLQPKLSSEKWGGGKIYY

Entity 25 polymer

描述 description	PsbW
分子量 formula_weight	13751.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,w

TRSLCDWSSDVCSSDLSKVLFLALCLVAGASAFNAPAPMALRASKTAMTMKAEGPMPKLAKALAPAIAAANIAIASPVFAEGTGEALGIDDTRLIVPVILIPVITFILYAGFASEQDNEDFFDTYDQRRK

Entity 26 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein X
分子量 formula_weight	4149.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,x

MTPSLSAFINSLLLGLFVVVIPIGAALFLVSQSDRVTRT

Entity 27 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Psb30
分子量 formula_weight	3763.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,y

MFNPTTLFQLIALFLVITSGPAIIVLIAFRRGNL

Entity 28 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Z
分子量 formula_weight	6574.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z,z

MVGLLQILVSILILLSFALVVGVPVILVSPGEWEKSKGLVYSAAGLWFGLVIVIAAFNSFVI

Entity 29 non-polymer

描述 description	CA-MN4-O5 CLUSTER
分子量 formula_weight	339.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 30 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 31 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 32 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 33 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	210

Entity 34 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 35 non-polymer

描述 description	(6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 36 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 37 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 38 non-polymer

描述 description	Chlorophyll c2
分子量 formula_weight	608.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 39 non-polymer

描述 description	;(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	564.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

Entity 40 non-polymer

描述 description	;(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	550.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 41 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 42 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 43 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 44 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 45 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	84

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.53 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	168683

fit	/app/data/saxs_computation/xr/8xr6/8xr6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xr/8xr6/8xr6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xr/8xr6/8xr6.dat

Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem II

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (45)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 polymer

聚合体 Polymer

Entity 22 polymer

聚合体 Polymer

Entity 23 polymer

聚合体 Polymer

Entity 24 polymer

聚合体 Polymer

Entity 25 polymer

聚合体 Polymer

Entity 26 polymer

聚合体 Polymer

Entity 27 polymer

聚合体 Polymer

Entity 28 polymer

聚合体 Polymer

Entity 29 non-polymer

Entity 30 non-polymer

Entity 31 non-polymer

Entity 32 non-polymer

Entity 33 non-polymer

Entity 34 non-polymer

Entity 35 non-polymer

Entity 36 non-polymer

Entity 37 non-polymer

Entity 38 non-polymer

Entity 39 non-polymer

Entity 40 non-polymer

Entity 41 non-polymer

Entity 42 non-polymer

Entity 43 non-polymer