8xrx

The crystal structure of a GH3 enzyme CcBgl3B with glucose and gentiobiose

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 210.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xrx
沉积日期 deposition_date	2024-01-08
最后修订 last_revision	2024-04-10
结构标题 title	The crystal structure of a GH3 enzyme CcBgl3B with glucose and gentiobiose
关键词 keywords	GH3 enzyme CcBgl3B, glucose, gentiobiose, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	68.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	68.69 Å
零角强度 I(0) i0	3077130000.00
分子量 molecular_weight	464380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	579160 Å³
包络体积 envelope_volume	829410 Å³
水化壳体积 shell_volume	103100 Å³
包络直径 envelope_diameter	225.7 Å
壳层 Rg shell_rg	66.15 Å
包络 Rg envelope_rg	66.56 Å
形状 Rg shape_rg	68.67 Å
总 Rg total_rg	68.75 Å
总原子数 total_atoms	32713
残基数 n_residues	4345
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	210.1 Å
Rg (实空间) rg_real	68.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0770e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0380e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	67.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3072000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8284
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	100.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.329
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.482
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	121400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.023

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	GH3 enzyme CcBgl3B
分子量 formula_weight	81757.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	33122

GSHMSTLPYLDPAVPVADRVEDLLARMTLPEKVGQMLQLDARDGVGPAVLEKHAGSLLHTSPENVLAAHELTGRTRLRIPLLLAEDCIHGHSFWVGATIFPTQLGMAATWDPALVEQVAHATAVEVAATGVHWTFSPVLCIARDLRWGRVDETFGEDPFLIGELASAMVRGYQGDGLSDPTGILATAKHFAGYSETQGGRDASEADISQRKLRSWFLPPFERVAREGCATFMLGYQSMDGVPVTVNGWLLDDVLRGEWGYTGTLVTDWDNVGRMVWEQHIQPDYVHASAAAVRAGNDMVMTTPRFFEGALEAVDRGLVEEAAIDAAVRRILTLKFRLGLFEDPRRPDVARQQAVIASAEHAAVNLEVARRSLVLLTNDGTLPFAGGLDRAAGTPDGRALAPAGAPARTIAVVGPNADDDHTQLGDWAGASGQADWLPDGHPREMTTTVLDGFRALAPEGWAVTHARGADILTLAPDPEGELFPDGQPRPQVVVPAAPDDALIAEAVAAARDADLAVAVVGDRIELVGEGRSTATLELVGGQVALLDALVATGTPVVVVVVASKPLVLPPSAHAAAAVVWAANPGMRGGQAVAELVLGLIEPEGRLPISFARHAGQQPTYYNVVRGQHGVRYADLTQSPAFAFGEGLSYTTVEYADLRVLGTEHGPDDVVRAEVTLTNTGSRPVRETVQVYVSDTVTSVTWAEKELKAYRKVDLAPGESATVGLEVPVADCTLVDAHGRRVVEPGEFELRVGPSSREDALLRASFTVAG

来源 Source

来源生物 organism	Cellulosimicrobium cellulans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-glucopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	403

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	163.095 Å
晶胞边长 b length_b	183.009 Å
晶胞边长 c length_c	269.154 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.59 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	19.948 Å
R 因子 r_factor	0.1967
R_work r_work	0.1965
R_free r_free	0.2295

fit	/app/data/saxs_computation/xr/8xrx/8xrx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xr/8xrx/8xrx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xr/8xrx/8xrx.dat